R session 中止 package 光柵

Question

你好堆棧溢出社區，
I upgraded to the latest version of R and R studio this week, and have my R sessions encountering fatal error whenever I try to load the package raster .

我嘗試查看 package 的依賴項，並重新安裝所有這些以確保確定。

# Install dependencies
db <- available.packages()
(deps <- tools::package_dependencies("raster", db)$raster)
# [1] "sp"      "Rcpp"    "methods"
install.packages(deps)

有任何想法嗎？

以下是我的 session 信息。

devtools::session_info("raster")
─ Session info ───────────────────────────────────────────────────────────────────
 setting  value                       
 version  R version 3.6.3 (2020-02-29)
 os       macOS Mojave 10.14.6        
 system   x86_64, darwin15.6.0        
 ui       RStudio                     
 language (EN)                        
 collate  en_US.UTF-8                 
 ctype    en_US.UTF-8                 
 tz       America/New_York            
 date     2020-04-17                  

─ Packages ───────────────────────────────────────────────────────────────────────
 package * version date       lib source        
 lattice * 0.20-41 2020-04-02 [1] CRAN (R 3.6.2)
 raster    3.0-12  2020-01-30 [1] CRAN (R 3.6.0)
 Rcpp      1.0.4.6 2020-04-09 [1] CRAN (R 3.6.3)
 sp        1.4-1   2020-02-28 [1] CRAN (R 3.6.0)

[1] /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library

在尋找解決方案時，我還發現我的 Makevars 文件不完整。 我使用了此處描述的解決方案，它要求 RStudio 確保它始終使用尾隨換行符保存文件，但它在這里不起作用。 問題是我不知道我是否有這個問題很長時間，或者它是否與光柵問題有關。

我嘗試加載> 50個其他包，錯誤似乎與光柵庫有關。

> writeLines(readLines(file.path(Sys.getenv("HOME"), ".R/Makevars")))
##CC=clang
##CXX=clang++
CPPFLAGS="-isystem /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include"
CC = gcc
CXX=/usr/local/bin/g++-9
CXX1X=/usr/local/clang6/bin/clang++
CXX98=/usr/local/clang6/bin/clang++
CXX11=/usr/local/clang6/bin/clang++
CXX14=/usr/local/clang6/bin/clang++
CXX17=/usr/local/clang6/bin/clang++
LDFLAGS=-L/usr/local/clang6/lib
Warning message:
In readLines(file.path(Sys.getenv("HOME"), ".R/Makevars")) :
  incomplete final line found on '/Users/Rosalie/.R/Makevars'

非常感謝您提供的任何幫助。 我真的不知道接下來要測試什么！

最好的，羅莎莉

Answer 1

問題出在 clang 上。

我首先更新到 macOS Catalina 10.15.4，然后使用此代碼卸載了之前版本的 R 開發工具鏈。 然后，我在這里使用了一些：

在終端中，我使用了代碼xcode-select --install ，打開了一個彈出窗口 window。 按“安裝”，然后按照步驟安裝 xcode。 通過在gcc --version中錄音來驗證安裝。 然后，下載並安裝適當的 gfortran 二進制文件，在此處找到正確的版本。

在 R 中，我重新安裝了 Rcpp 和 raster install.packages("Rcpp", "raster") 。

我現在可以在沒有 session 的情況下加載光柵！