[英]R session aborded package raster
你好堆栈溢出社区,
I upgraded to the latest version of R and R studio this week, and have my R sessions encountering fatal error whenever I try to load the package raster .
我尝试查看 package 的依赖项,并重新安装所有这些以确保确定。
# Install dependencies
db <- available.packages()
(deps <- tools::package_dependencies("raster", db)$raster)
# [1] "sp" "Rcpp" "methods"
install.packages(deps)
有任何想法吗?
以下是我的 session 信息。
devtools::session_info("raster")
─ Session info ───────────────────────────────────────────────────────────────────
setting value
version R version 3.6.3 (2020-02-29)
os macOS Mojave 10.14.6
system x86_64, darwin15.6.0
ui RStudio
language (EN)
collate en_US.UTF-8
ctype en_US.UTF-8
tz America/New_York
date 2020-04-17
─ Packages ───────────────────────────────────────────────────────────────────────
package * version date lib source
lattice * 0.20-41 2020-04-02 [1] CRAN (R 3.6.2)
raster 3.0-12 2020-01-30 [1] CRAN (R 3.6.0)
Rcpp 1.0.4.6 2020-04-09 [1] CRAN (R 3.6.3)
sp 1.4-1 2020-02-28 [1] CRAN (R 3.6.0)
[1] /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library
在寻找解决方案时,我还发现我的 Makevars 文件不完整。 我使用了此处描述的解决方案,它要求 RStudio 确保它始终使用尾随换行符保存文件,但它在这里不起作用。 问题是我不知道我是否有这个问题很长时间,或者它是否与光栅问题有关。
我尝试加载> 50个其他包,错误似乎与光栅库有关。
> writeLines(readLines(file.path(Sys.getenv("HOME"), ".R/Makevars")))
##CC=clang
##CXX=clang++
CPPFLAGS="-isystem /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include"
CC = gcc
CXX=/usr/local/bin/g++-9
CXX1X=/usr/local/clang6/bin/clang++
CXX98=/usr/local/clang6/bin/clang++
CXX11=/usr/local/clang6/bin/clang++
CXX14=/usr/local/clang6/bin/clang++
CXX17=/usr/local/clang6/bin/clang++
LDFLAGS=-L/usr/local/clang6/lib
Warning message:
In readLines(file.path(Sys.getenv("HOME"), ".R/Makevars")) :
incomplete final line found on '/Users/Rosalie/.R/Makevars'
非常感谢您提供的任何帮助。 我真的不知道接下来要测试什么!
最好的,罗莎莉
问题出在 clang 上。
我首先更新到 macOS Catalina 10.15.4,然后使用此代码卸载了之前版本的 R 开发工具链。 然后,我在这里使用了一些:
在终端中,我使用了代码xcode-select --install
,打开了一个弹出窗口 window。 按“安装”,然后按照步骤安装 xcode。 通过在gcc --version
中录音来验证安装。 然后,下载并安装适当的 gfortran 二进制文件,在此处找到正确的版本。
在 R 中,我重新安装了 Rcpp 和 raster install.packages("Rcpp", "raster")
。
我现在可以在没有 session 的情况下加载光栅!
声明:本站的技术帖子网页,遵循CC BY-SA 4.0协议,如果您需要转载,请注明本站网址或者原文地址。任何问题请咨询:yoyou2525@163.com.