“anova_test” function 誤差（0 (non_NA) 案例）和線性組合的雙向重復 anova

Question

我正在嘗試使用rstatix package 中的 anova_test function 在 R 中運行雙向重復測量 anova。 我大致按照此處找到的教程進行操作。 我的數據由幾個 ant 菌落（“菌落”）組成，每個菌落分為 3 個處理（“大小”）。 我收集了超過 8 個時間點（“時間”）的數據（“g”）。 我在 github 上上傳了我的數據子集，但這里有一個簡短的摘要：

 # A tibble: 24 x 6
   Species Colony Fragment Size  Time      g
   <fct>   <fct>  <fct>    <fct> <fct> <dbl>
 1 obs     5      5L       L     1     0.565
 2 obs     2      2L       L     2     0.002
 3 obs     8      8L       L     3     0.699
 4 obs     12     12L      L     4     0.257
 5 obs     12     12L      L     5     0.131
 6 obs     3      3L       L     6     0.014
 7 obs     10     10L      L     7     0.15 
 8 obs     12     12L      L     8     0.054
 9 obs     10     10M      M     1     0.448
10 obs     8      8M       M     2     0.135
# ... with 14 more rows

我嘗試使用以下代碼以三種不同的方式運行雙向重復測量方差分析：

aov <- df %>% anova_test(g ~ Size*Time + Error(Colony/(Size*Time)))
aov <- df %>% anova_test(dv=g, wid = Colony, within= c(Size,Time))
aov <- anova_test(data = df, dv=g, wid=Colony, within=c(Size, Time))

他們每個 output 出現以下錯誤：

Error in lm.fit(x, y, offset = offset, singular.ok = singular.ok, ...) : 
  0 (non-NA) cases

我在兩個與我的數據集格式相似的示例數據集上嘗試了相同的代碼，並且 function 完美運行（每種方法輸出相同的結果）。 以下是示例數據集的摘要以供參考：

# A tibble: 6 x 4
  id    treatment time  score
  <fct> <fct>     <fct> <dbl>
1 7     ctr       t1       92
2 6     ctr       t2       65
3 12    ctr       t3       62
4 6     Diet      t1       76
5 9     Diet      t2       94
6 7     Diet      t3       87



# A tibble: 6 x 4
        len supp   dose    id
      <dbl> <fct> <dbl> <int>
    1  21.5 OJ      0.5     2
    2  14.5 OJ      1       9
    3  22.4 OJ      2       3
    4   4.2 VC      0.5     1
    5  17.3 VC      1       4
    6  29.5 VC      2      10

我已經驗證我的數據沒有任何返回 FALSE 的any(is.na(df))的 NA 值。

我遇到了一個類似的問題，一個有用的海報建議這個錯誤可能是由於線性組合，而不是 NA 值。 我決定使用lm(g ~ Colony+Time:Size, data=df)檢查我的數據，事實上，我確實有一個線性組合：

Call:
lm(formula = g ~ Colony + Time:Size, data = df)

Coefficients:
(Intercept)      Colony1      Colony2      Colony3      Colony4      Colony5  Time1:SizeL  Time2:SizeL  Time3:SizeL  
   0.044167    -0.118549    -0.108424     0.076868     0.073243     0.034368     0.213000     0.351167     0.199833  
Time4:SizeL  Time5:SizeL  Time6:SizeL  Time7:SizeL  Time8:SizeL  Time1:SizeM  Time2:SizeM  Time3:SizeM  Time4:SizeM  
   0.060667     0.071333     0.005000     0.017000    -0.029167     0.239667     0.216333     0.174667     0.050500  
Time5:SizeM  Time6:SizeM  Time7:SizeM  Time8:SizeM  Time1:SizeS  Time2:SizeS  Time3:SizeS  Time4:SizeS  Time5:SizeS  
   0.069500     0.033167     0.011500    -0.003667    -0.015500     0.081167     0.020000     0.042500     0.026333  
Time6:SizeS  Time7:SizeS  Time8:SizeS  
  -0.014333    -0.000500           NA  

但是，我不明白為什么。 Time8:SizeS 類別與所有其他 Time:Size 組合基本相同。 如果有人能解釋為什么我可能會遇到這個錯誤，或者有一個解決方案來解決我如何對我的數據執行雙向重復測量 anova（有或沒有anova_test ），我將不勝感激！

提前致謝！

Answer 1

我需要再次閱讀 rstatix::anova_test 的代碼，但是您的設計還可以，它是平衡的，導致所有問題的原因是額外的列。 我懷疑由於列的原因，某處旋轉失控：

library(rstatix)
library(dplyr)

df=read.csv("https://raw.githubusercontent.com/mwest9/sample_data/master/test_repeat_anova.csv")

df$Colony = factor(df$Colony)
df$Time = factor(df$Time)

df %>% select(g,Size,Time,Colony) %>%
anova_test(g ~ Size*Time + Error(Colony/(Size*Time)))

ANOVA Table (type III tests)

     Effect DFn DFd     F       p p<.05   ges
1      Size   2  10 4.098 0.05000       0.075
2      Time   7  35 5.428 0.00028     * 0.209
3 Size:Time  14  70 1.595 0.10200       0.099

請注意，它僅報告 anova 而不是其他球形度測試：

Mauchly 的球形檢驗：如果存在任何具有 2 個以上水平的 Ss 內變量，則包含 Mauchly 球形檢驗結果的數據框。 僅報告具有超過 2 個級別的效果，因為球形度必然適用於僅具有 2 個級別的效果。 • 球形校正：如果存在任何Ss 內變量，則包含Greenhouse-Geisser 和Huynh-Feldt epsilon 值以及相應的校正p 值的數據框。