r 中帶有 4 個變量的分組條形圖

Question

我是 r 的初學者，我一直在努力尋找如何 plot 這個圖形。

我有 4 個變量（礫石百分比、沙子百分比、五個地方的淤泥百分比）。 我正在嘗試 plot 這三種沉積物 (y) 在每個站 (x) 中的百分比。 所以它在 x 軸上有 5 個組，每組 3 個條形圖。

   Station   % gravel    % sand      % silt
1   PRA1    28.430000   70.06000    1.507000
2   PRA3    19.515000   78.07667    2.406000
3   PRA4    19.771000   78.63333    1.598333
4   PRB1    7.010667    91.38333    1.607333
5   PRB2    18.613333   79.62000    1.762000 

我嘗試繪制一個分組條形圖

grao <- read_excel("~/Desktop/Masters/Data/grao.xlsx")
colors <- c('#999999','#E69F00','#56B4E9','#94A813','#718200')
barplot(table(grao$Station, grao$`% gravel`, grao$`% sand`, grao$`% silt`), beside = TRUE, col = colors)

但是此錯誤消息不斷發生：

'height' 必須是向量或矩陣

我也試過

ggplot(grao, aes(Station, color=as.factor(`% gravel`), shape=as.factor(`% sand`))) + 
geom_bar() + scale_color_manual(values=c('#999999','#E69F00','#56B4E9','#94A813','#718200')+ theme(legend.position="top")

但它正在創造一個瘋狂的圖形。

有人可以幫我嗎？ 我已經被困在這幾個星期了。

干杯

Answer 1

我認為這可能是您正在尋找的：

#install.packages("tidyverse")
library(tidyverse)
df <-  data.frame(
  station = c("PRA1", "PRA3", "PRA4", "PRB1", "PRB2"),
  gravel = c(28.4, 19.5, 19.7, 7.01, 18.6),
  sand = c(70.06, 78.07, 78.63, 91, 79),
  silt = c(1.5, 2.4, 1.6, 1.7, 1.66)
)

df2 <- df %>% 
  pivot_longer(cols = c("gravel", "sand", "silt"), names_to = "Sediment_Type", values_to = "Percentage")

ggplot(df2) +
  geom_bar(aes(x = station, y = Percentage, fill = Sediment_Type ), stat = "identity", position = "dodge") +
theme_minimal() #theme_minimal() is from the ggthemes package

提供：

您需要“更長”地“轉動”您的數據集。 部分整潔的方法是確保所有列都代表一個變量。 您會在最初的 dataframe 中注意到，每個列名都是一個變量（“Sediment_type”），每個列填充只是每個列的百分比（“Percentage”）。 function pivot_longer()采用數據集並允許收集所有列，然后將它們變成兩個 - 標識和值。

完成此操作后，ggplot 將允許您指定 x 軸，然后通過“填充”指定分組變量。 你可以切換這兩個。 如果您最終得到大量數據和分組變量，分面也是一個值得研究的選項！

希望這可以幫助，

布倫南

Answer 2

barplot想要一個"matrix" ，理想情況下具有兩個維度名稱。 您可以像這樣轉換數據（在將第一列用於行名時刪除第一列）：

dat <- `rownames<-`(as.matrix(grao[,-1]), grao[,1])

你會看到，那個barplot已經為你做了制表。 但是，您也可以使用xtabs （ table可能不適合您的方法 function）。

# dat <- xtabs(cbind(X..gravel, X..sand, X..silt) ~ Station, grao)  ## alternatively

我建議您使用正確的變量名，因為特殊字符不是最好的主意。

colnames(dat) <- c("gravel", "sand", "silt")
dat
#         gravel     sand     silt
# PRA1 28.430000 70.06000 1.507000
# PRA3 19.515000 78.07667 2.406000
# PRA4 19.771000 78.63333 1.598333
# PRB1  7.010667 91.38333 1.607333
# PRB2 18.613333 79.62000 1.762000

然后barplot知道發生了什么。

.col <- c('#E69F00','#56B4E9','#94A813')  ## pre-define colors
barplot(t(dat), beside=T, col=.col, ylim=c(0, 100),  ## barplot
        main="Here could be your title", xlab="sample", ylab="perc.")
legend("topleft", colnames(dat), pch=15, col=.col, cex=.9, horiz=T, bty="n")  ## legend
box()  ## put it in a box

---

數據：

grao <- read.table(text="   Station   '% gravel'    '% sand'      '% silt'
1   PRA1    28.430000   70.06000    1.507000
2   PRA3    19.515000   78.07667    2.406000
3   PRA4    19.771000   78.63333    1.598333
4   PRB1    7.010667    91.38333    1.607333
5   PRB2    18.613333   79.62000    1.762000 ", header=TRUE)