使用 pyranges 庫，如何檢查染色體 position 是否包含在任何區間中？

Question

我有一個包含變體信息的.vcf 文件和一個包含區域研究信息的.bed 文件。 我正在使用pyranges庫來讀取 .bed 文件。 我想過濾掉位於.bed 文件中指定的研究區間區域內的所有變體 in.vcf 文件。 由於 pyranges 提供了 pandas dataframe，我可以遍歷每一行並檢查我的變體 position 的包含情況； 但是，我正在尋找可以幫助我實現這一目標的 API。

例子：

>> df = pd.DataFrame({"Chromosome": ["chr1", "chr2"], "Start": [100, 200],
...                    "End": [150, 201]})
>> pr.PyRanges(df)

+--------------+-----------+-----------+
| Chromosome   |     Start |       End |
| (category)   |   (int32) |   (int32) |
|--------------+-----------+-----------|
| chr1         |       100 |       150 |
| chr2         |       200 |       201 |
+--------------+-----------+-----------+

是否有 API 來查找染色體“chr1”的染色體 position 125 是否位於任何區間內。 在上述情況下，它將為 True，因為 125 位於區間 100 - 150 中。

Answer 1

gr = pr.PyRanges(df)
gr['chr1', 125:126]