從 4d NetCDF 文件中提取海底數據

Question

我有海洋 pH 值、o2 等的全局 4D NetCDF 文件。每個文件都有 1 個變量和 4 個維度（時間、經度、緯度和深度）。 我希望從不包含 NA 的每個單元格的最底部深度提取數據。 我曾嘗試將 NCO 的 ncks 與負超平板一起使用：

ncks -d depth,-1 in.nc out.nc

但是，這僅為我提供了最深深度倉（即 -5700 m 深度倉）的數據，輸出了所有較淺海洋區域的 NaN。 有沒有辦法以類似的方式提取數據，但指定我想要每個單元格的最深非 NaN 值？

我可以使用 R、CDO 或 NCO。 在此先感謝您提供的任何幫助。

Answer 1

如果您能夠運行一個簡單的 Python 腳本，您可以使用 nctoolkit ( https://nctoolkit.readthedocs.io/en/latest/installing.html ) 來執行此操作，它使用 CDO 作為后端。 對於一個文件，您將執行以下操作：

import nctoolkit as nc
data = nc.open_data("infile.nc")
bottom = nc.open_data("infile.nc")
bottom.bottom_mask()
data.multiply(bottom)
data.vertical_sum()
data.to_nc("outfile.nc")