從R的嵌套循環內的列表中提取3D netcdf變量

Question

假設我有3個不同站點的n個時間步長的10個模型配置，總共生成了30個我要打開和操作的netcdf文件。 我可以打開30個文件，例如

require(ncdf4)

allfiles= list() 
nmod=10     
nsites=3    

for (i in 1:nmod) {
allfiles[[i]] = list(nc_open(paste0('Model',i,'siteA.nc')),
                     nc_open(paste0('Model',i,'siteB.nc')),
                     nc_open(paste0('Model',i,'siteC.nc')))
}

當查詢打開什么的類時，我有

類（所有文件）

[1]“清單”

類（所有文件[[1]] [[1]]）

[1]“ ncdf4”

如預期的那樣。 現在我要做的是從文件中的變量中提取值，這樣

var=list()
for (i in 1:nmod) {
  for (j in 1:nsites) {
    var[[i]][[j]] <- ncvar_get(allfiles[[i]][[j]],"var1") 
    nc_close(allfiles[[i]][[j]])
   }}

但我收到此錯誤消息：

 `Error in *tmp*[[i]] : subscript out of bounds`

如果我嘗試

 var[[i]] <- ncvar_get(allfiles[[i]][[j]],"var1")

它（理解）僅在一個站點上生成10個模型配置的列表，即var[[1]][[1]][1]在模型配置1，站點A，時間步1處打印出變量的值，但var[[1]][[2]]不存在。 如何在上面的循環中聲明var ，以便它包含所有模型，所有站點和所有時間步的所有值（例如var[[1]][[2]][1]存在）？

Answer 1

在發生錯誤的原始版本中，在第一個內部循環中，您嘗試執行以下操作： var[[1]][[1]] <- something ，但是var[[1]]不存在，並且R不知道該怎么辦，所以我猜下面的事情應該起作用，您在執行var[[i]][[j]] <- something之前先設置var[i] <- list() ：

var=list()
for (i in 1:nmod) {
var[i] <- list()
  for (j in 1:nsites) {
    var[[i]][[j]] <- ncvar_get(allfiles[[i]][[j]],"var1") 
    nc_close(allfiles[[i]][[j]])
  }
}

例如，如果您這樣做：

var <- list()
for (i in 1:10) {
    for (j in 1:10) {
        var[[i]][[j]] <- 1
    }
}

然后發生相同的錯誤。 但是，如果您在執行內部循環之前設置var[[i]] <- list() ，如下所示：

var <- list()
for (i in 1:10) {
    var[[i]] <- list()
    for (j in 1:10) {
        var[[i]][[j]] <- 1
    }
}

然后問題就解決了。