从R的嵌套循环内的列表中提取3D netcdf变量

Question

假设我有3个不同站点的n个时间步长的10个模型配置，总共生成了30个我要打开和操作的netcdf文件。 我可以打开30个文件，例如

require(ncdf4)

allfiles= list() 
nmod=10     
nsites=3    

for (i in 1:nmod) {
allfiles[[i]] = list(nc_open(paste0('Model',i,'siteA.nc')),
                     nc_open(paste0('Model',i,'siteB.nc')),
                     nc_open(paste0('Model',i,'siteC.nc')))
}

当查询打开什么的类时，我有

类（所有文件）

[1]“清单”

类（所有文件[[1]] [[1]]）

[1]“ ncdf4”

如预期的那样。 现在我要做的是从文件中的变量中提取值，这样

var=list()
for (i in 1:nmod) {
  for (j in 1:nsites) {
    var[[i]][[j]] <- ncvar_get(allfiles[[i]][[j]],"var1") 
    nc_close(allfiles[[i]][[j]])
   }}

但我收到此错误消息：

 `Error in *tmp*[[i]] : subscript out of bounds`

如果我尝试

 var[[i]] <- ncvar_get(allfiles[[i]][[j]],"var1")

它（理解）仅在一个站点上生成10个模型配置的列表，即var[[1]][[1]][1]在模型配置1，站点A，时间步1处打印出变量的值，但var[[1]][[2]]不存在。 如何在上面的循环中声明var ，以便它包含所有模型，所有站点和所有时间步的所有值（例如var[[1]][[2]][1]存在）？

Answer 1

在发生错误的原始版本中，在第一个内部循环中，您尝试执行以下操作： var[[1]][[1]] <- something ，但是var[[1]]不存在，并且R不知道该怎么办，所以我猜下面的事情应该起作用，您在执行var[[i]][[j]] <- something之前先设置var[i] <- list() ：

var=list()
for (i in 1:nmod) {
var[i] <- list()
  for (j in 1:nsites) {
    var[[i]][[j]] <- ncvar_get(allfiles[[i]][[j]],"var1") 
    nc_close(allfiles[[i]][[j]])
  }
}

例如，如果您这样做：

var <- list()
for (i in 1:10) {
    for (j in 1:10) {
        var[[i]][[j]] <- 1
    }
}

然后发生相同的错误。 但是，如果您在执行内部循环之前设置var[[i]] <- list() ，如下所示：

var <- list()
for (i in 1:10) {
    var[[i]] <- list()
    for (j in 1:10) {
        var[[i]][[j]] <- 1
    }
}

然后问题就解决了。