R，如何把一個dataframe的所有列名放到一個公式中？

Question

我正在嘗試按照本教程將R中的多元 Cox 回歸分析應用於我的數據集。 特別是，我正在嘗試應用以下 function coxph() ：

install.packages(c("survival", "survminer"));
library("survival");
library("survminer");
data("lung");

res.cox <- coxph(Surv(time, status) ~ age + sex + ph.ecog, data =  lung)
summary(res.cox)

如您所見，在這種情況下，特征的名稱 ( age + sex + ph.ecog ) 已手動插入到公式中。

相反，在我的例子中，我有數以千計的特征，所以我不能手動添加它們的名字。 我需要找到一種自動插入它們的方法。 我試圖在以前的案例中這樣做，但沒有成功。 這是我嘗試過的：

featureNames <- paste(colnames(lung), collapse = " + ")
res.cox <- coxph(Surv(time, status) ~ featureNames, data =  lung)

我收到此錯誤消息：

Error in model.frame.default(formula = Surv(time, status) ~ featureNames,  : 
  variable lengths differ (found for 'featureNames')

有人能幫我嗎？ 謝謝！ 我在運行 Linux Ubuntu 18.04.5 LTS/ 的電腦上使用R版本 3.6.3

Answer 1

使用parse()和eval()就可以了。

featureNames <- paste(colnames(lung), collapse = " + ")
res.cox <- coxph(Surv(time, status) ~ eval(parse(text = featureNames)), data =  lung)

Answer 2

使用reformulate，首先設置一個默認公式：

fS <- Surv(time, status) ~ . 

假設您事先知道這些功能：

colnames(lung)
 [1] "inst"      "time"      "status"    "age"       "sex"       "ph.ecog"  
 [7] "ph.karno"  "pat.karno" "meal.cal"  "wt.loss"  

features = c("ph.karno","age","meal.cal","wt.loss")

fs = reformulate(features, fS[[2]])

coxph(fs, data =  lung)

Call:
coxph(formula = fs, data = lung)

               coef  exp(coef)   se(coef)      z     p
ph.karno -9.152e-03  9.909e-01  7.327e-03 -1.249 0.212
age       1.629e-02  1.016e+00  1.168e-02  1.395 0.163
meal.cal  5.087e-06  1.000e+00  2.391e-04  0.021 0.983
wt.loss  -1.057e-03  9.989e-01  6.884e-03 -0.154 0.878

Likelihood ratio test=5.84  on 4 df, p=0.2113
n= 171, number of events= 124 
   (57 observations deleted due to missingness)