你能幫我解決運行 Stringtie prepDE.py 后出現的錯誤嗎？

Question

當我運行 prepDE.py 作業退出時出現以下錯誤。 我正在使用 StringTie/2.1.4 和 Python/2.7.18。 以下是我正在運行的命令（在 ADA 集群內）

#Loading New modules

module load StringTie/2.1.4-GCC-9.3.0
module load Python/2.7.18-GCCcore-9.3.0

#converting data to DESEQ2 compatible format

prepDE.py

回溯（最近調用最后）：文件“/sw/eb/software/StringTie/2.1.4-GCC-9.3.0/bin/prepDE.py”，第 58 行，樣本 = [(i,glob.iglob( os.path.join(opts.input,i,"*.gtf")).next()) for i in next(os.walk(opts.input)) 1 if re.search(opts.pattern,i) ] 停止迭代

我的目錄結構如下目錄結構

├── ballgown
│   ├── PVX_2d_1
│   │   ├── e2t.ctab
│   │   ├── e_data.ctab
│   │   ├── i2t.ctab
│   │   ├── i_data.ctab
│   │   ├── PVX_2d_1.gtf
│   │   └── t_data.ctab
│   ├── PVX_2d_2
│   │   ├── e2t.ctab
│   │   ├── e_data.ctab
│   │   ├── i2t.ctab
│   │   ├── i_data.ctab
│   │   ├── PVX_2d_2.gtf
│   │   └── t_data.ctab
│   ├── PVX_2d_3
│   │   ├── e2t.ctab
│   │   ├── e_data.ctab
│   │   ├── i2t.ctab
│   │   ├── i_data.ctab
│   │   ├── PVX_2d_3.gtf
│   │   └── t_data.ctab

你能在這方面幫助我嗎？ 提前致謝。

Answer 1

這是基於錯誤和鏈接文檔的有根據的猜測：

-i 輸入, --input=輸入, --in=輸入
– 一個包含所有樣本子目錄的文件夾，或一個文本文件，每行都有樣本 ID 和 GTF 文件的路徑 [默認值：. ]

嘗試調用腳本

prepDE.py -i ballgown

因為數據子文件夾位於ballgown文件夾中。