raster::stack 在柵格中返回 NA 值，盡管知道值

Question

我正在創建 ASCII 文件以包含在 R 的 MaxEnt R中。

當我創建圖層並查看柵格值時，我可以看到它們並且它們是正確的，例如：

> r_test3
class      : RasterLayer 
dimensions : 4698, 3919, 18411462  (nrow, ncol, ncell)
resolution : 50, 50  (x, y)
extent     : 159500, 355450, 160454.6, 395354.6  (xmin, xmax, ymin, ymax)
crs        : +proj=tmerc +lat_0=49 +lon_0=-2 +k=0.999601272 +x_0=400000 +y_0=-100000 +datum=OSGB36 +units=m +no_defs +ellps=airy +towgs84=446.448,-125.157,542.060,0.1502,0.2470,0.8421,-20.4894 
source     : memory
names      : layer 
values     : 1, 43385  (min, max)

然后當我堆疊三個柵格時，一切似乎都是正確的：

RegionalGridsBest
class      : RasterStack 
dimensions : 4698, 3919, 18411462, 3  (nrow, ncol, ncell, nlayers)
resolution : 50, 50  (x, y)
extent     : 159500, 355450, 160454.6, 395354.6  (xmin, xmax, ymin, ymax)
crs        : +proj=tmerc +lat_0=49 +lon_0=-2 +k=0.999601272 +x_0=400000 +y_0=-100000 +datum=OSGB36 +units=m +no_defs +ellps=airy +towgs84=446.448,-125.157,542.060,0.1502,0.2470,0.8421,-20.4894 
names      : layer.1, layer.2, layer.3 
min values :       1,       1,       1 
max values :   43385,   92917,   95704 

但是，當我為getValues獲取值時，它們只顯示 NA：

> getValues(RegionalGridsBest)
            layer.1 layer.2 layer.3
       [1,]      NA      NA      NA
       [2,]      NA      NA      NA
       [3,]      NA      NA      NA
       [4,]      NA      NA      NA
       [5,]      NA      NA      NA
       [6,]      NA      NA      NA
       [7,]      NA      NA      NA
       [8,]      NA      NA      NA
       [9,]      NA      NA      NA
      [10,]      NA      NA      NA
      [11,]      NA      NA      NA
      [12,]      NA      NA      NA
      [13,]      NA      NA      NA

然后由於這個原因，當我嘗試使用vifstep function 時出現此錯誤：

vifstep(RegionalGridsBest, th = 3, maxobservations = 10000) 

Error in lm.fit(x, y, offset = offset, singular.ok = singular.ok, ...) : 
  0 (non-NA) cases

我不知道如何解決這個問題或我做錯了什么。

編輯

NA 值在文件中，盡管在創建層時設置為 0 值：

> summary(RegionalGridsBest)
Error in apply(object@data@values, 2, quantile, na.rm = TRUE) : 
  no slot of name "data" for this object of class "RasterStack"

> summary(r_test3)
             layer
Min.           1.0
1st Qu.    18407.0
Median     28176.5
3rd Qu.    41293.0
Max.       43385.0
NA's    17850028.0

> summary(r_test2)
           layer
Min.           1
1st Qu.    40505
Median     58967
3rd Qu.    75139
Max.       92917
NA's    17086764

> summary(r_test)
           layer
Min.           1
1st Qu.    25570
Median     51215
3rd Qu.    66486
Max.       95704
NA's    17980349

Answer 1

您所展示的是前 13 個單元格是 NA --- 這很常見。 我懷疑你的一層只有 NA。 你能檢查/顯示

summary(RegionalGridsBest)

它顯然與NA值有關。 從例子

library(usdm)
file <- system.file("external/spain.grd", package="usdm")
r <- stack(file)
v <- vifstep(r, th=10)

如果一層都是 NA 則失敗

r[[1]][] <- NA
v <- vifstep(r, th=10)
#Error in lm.fit(x, y, offset = offset, singular.ok = singular.ok, ...) : 
#  0 (non-NA) cases

但也有沒有 NA 的單元格

r <- stack(file)
r[[1]][1:500] <- NA
r[[2]][450:870] <- NA
v <- vifstep(r, th=10)
#Error in lm.fit(x, y, offset = offset, singular.ok = singular.ok, ...) : 
#  0 (non-NA) cases

你可以檢查一下

 tst <- any(is.na(RegionalGridsBest))

單元格不應全部為 1 (TRUE)，應該有一些單元格為 0 (FALSE) 才能使 vifstep 工作。