如何將 CRAN 包導出到 Conda yaml 文件？

Question

我需要導出帶有多個包的 Conda R 環境。 除一個之外的所有內容都可以通過 Conda 渠道獲得，因此可以輕松添加。 問題在於 CRAN 上的 package BiDAG，但沒有任何 Conda 通道。

當我從要導出的環境中運行install.packages("BiDAG")時，package 會安裝到正確的目錄中。 但是， conda env export > env.yml無法識別它，因為它只跟蹤 conda 本身安裝的包。

我已經嘗試從 CRAN 構建

conda skeleton CRAN bidag
conda build r-bidag

但這會在 Bioconductor 甚至通過 conda 渠道提供的兩個包（r-graph 和 r-rgraphviz）上崩潰，但不再在 CRAN 上。 因此它們不被識別並且構建失敗。

有沒有辦法在 .yml 中使用這個 CRAN package BiDAG 導出 conda 環境？

Answer 1

供將來參考：這似乎是不可能的。 更好的解決方案是使用像 Docker 或 Singularity 這樣的容器系統，這就是我要做的。

Answer 2

避免在 Conda 環境中使用install.packages

通常，在 Conda 管理的 R 環境中使用install.packages會使環境復雜化，我建議不要這樣做。 正如您所發現的，Conda 無法識別這些包，因此失去了 Conda 通過環境導出提供的可重復性。 此外， install.packages經常無法找到用於所有 Conda package 構建的共享庫和構建堆棧。 這可能會導致某些包出現編譯、鏈接或其他共享庫問題。

構建r-bidag

Bioconductor 軟件包都托管在bioconda頻道上，並以bioconductor-而不是r-為前綴。 因此，應該能夠通過修改來自meta.yaml conda skeleton的 meta.yaml 以用bioconductor-graph和bioconductor-graphviz替換r-graph和r-graphviz來構建 package。 然后用

conda build --override-channels -c conda-forge -c bioconda -c defaults r-bidag

您可能還需要 --R 參數來指定要為其構建的--R版本。