如何使用 conda yaml 文件安裝特定的 Bioconductor package 版本？

Question

我正在嘗試使用 conda 安裝特定版本的 Bioconductor 軟件包。 我正在使用這樣的.yml文件創建一個 conda 環境： conda conda env create -f coo_environment.yml

當我這樣做時，我得到：

Collecting package metadata: done
Solving environment: failed

ResolvePackageNotFound: 
  - bioconductor-complexheatmap=2.12.1
  - bioconductor-rtracklayer=1.56.1
  - bioconductor-exomecopy=1.42.0

coo_environment.yml的相關內容如下所示

name: coo

channels:
        - conda-forge
        - bioconda
dependencies:
        # R
        - bioconductor-exomeCopy=1.42.0
        - bioconductor-rtracklayer=1.56.1
        - bioconductor-ComplexHeatmap=2.12.1

當我從yml文件中刪除 package 版本時，它可以工作。 我在這里、 這里和這里仔細檢查了軟件包的版本，我相信它們是正確的。

Answer 1

Bioconda 已經落后於 Bioconductor 的發布周期，主要是由於 Conda Forge 的上游延遲添加了 R 4.2 和相應的 package 構建。 Bioconductor 將版本與 R 版本緊密耦合，因此所有 v3.15 package 版本都依賴於 R 4.2。 Conda Forge最近開始構建 R 4.2 ，但是，它還沒有開始遷移它托管的許多 CRAN 包，這是一個關鍵的先決條件。 只有有了這些，Bioconda 才能開始構建 Bioconductor 包的 v3.15 版本。

總之，您不能依賴 Bioconductor 站點來識別通過 Conda 提供的版本。 相反，請查閱Bioconda package 索引、 Anaconda Cloud或直接從命令行搜索，例如，

$ mamba search bioconda::bioconductor-exomecopy
# Name                       Version           Build  Channel             
bioconductor-exomecopy          1.22.0        r3.3.2_0  bioconda            
bioconductor-exomecopy          1.22.0        r3.4.1_0  bioconda            
bioconductor-exomecopy          1.24.0        r3.4.1_0  bioconda            
bioconductor-exomecopy          1.26.0  r341h470a237_0  bioconda            
bioconductor-exomecopy          1.26.0  r351h470a237_0  bioconda            
bioconductor-exomecopy          1.28.0  r351h1de35cc_0  bioconda            
bioconductor-exomecopy          1.30.0   r36h01d97ff_1  bioconda            
bioconductor-exomecopy          1.32.0   r36h01d97ff_0  bioconda            
bioconductor-exomecopy          1.34.0   r40h8909d69_0  bioconda            
bioconductor-exomecopy          1.36.0   r40h68a2ddb_1  bioconda            
bioconductor-exomecopy          1.36.0   r40h8909d69_0  bioconda            
bioconductor-exomecopy          1.38.0   r41h68a2ddb_0  bioconda            
bioconductor-exomecopy          1.40.0   r41h68a2ddb_0  bioconda            
bioconductor-exomecopy          1.40.0   r41haba8685_1  bioconda   

目前，Conda R 用戶可以使用與 R 4.1 綁定的最新 Bioconductor 3.14。