如何使用 conda yaml 文件安装特定的 Bioconductor package 版本？

Question

我正在尝试使用 conda 安装特定版本的 Bioconductor 软件包。 我正在使用这样的.yml文件创建一个 conda 环境： conda conda env create -f coo_environment.yml

当我这样做时，我得到：

Collecting package metadata: done
Solving environment: failed

ResolvePackageNotFound: 
  - bioconductor-complexheatmap=2.12.1
  - bioconductor-rtracklayer=1.56.1
  - bioconductor-exomecopy=1.42.0

coo_environment.yml的相关内容如下所示

name: coo

channels:
        - conda-forge
        - bioconda
dependencies:
        # R
        - bioconductor-exomeCopy=1.42.0
        - bioconductor-rtracklayer=1.56.1
        - bioconductor-ComplexHeatmap=2.12.1

当我从yml文件中删除 package 版本时，它可以工作。 我在这里、 这里和这里仔细检查了软件包的版本，我相信它们是正确的。

Answer 1

Bioconda 已经落后于 Bioconductor 的发布周期，主要是由于 Conda Forge 的上游延迟添加了 R 4.2 和相应的 package 构建。 Bioconductor 将版本与 R 版本紧密耦合，因此所有 v3.15 package 版本都依赖于 R 4.2。 Conda Forge最近开始构建 R 4.2 ，但是，它还没有开始迁移它托管的许多 CRAN 包，这是一个关键的先决条件。 只有有了这些，Bioconda 才能开始构建 Bioconductor 包的 v3.15 版本。

总之，您不能依赖 Bioconductor 站点来识别通过 Conda 提供的版本。 相反，请查阅Bioconda package 索引、 Anaconda Cloud或直接从命令行搜索，例如，

$ mamba search bioconda::bioconductor-exomecopy
# Name                       Version           Build  Channel             
bioconductor-exomecopy          1.22.0        r3.3.2_0  bioconda            
bioconductor-exomecopy          1.22.0        r3.4.1_0  bioconda            
bioconductor-exomecopy          1.24.0        r3.4.1_0  bioconda            
bioconductor-exomecopy          1.26.0  r341h470a237_0  bioconda            
bioconductor-exomecopy          1.26.0  r351h470a237_0  bioconda            
bioconductor-exomecopy          1.28.0  r351h1de35cc_0  bioconda            
bioconductor-exomecopy          1.30.0   r36h01d97ff_1  bioconda            
bioconductor-exomecopy          1.32.0   r36h01d97ff_0  bioconda            
bioconductor-exomecopy          1.34.0   r40h8909d69_0  bioconda            
bioconductor-exomecopy          1.36.0   r40h68a2ddb_1  bioconda            
bioconductor-exomecopy          1.36.0   r40h8909d69_0  bioconda            
bioconductor-exomecopy          1.38.0   r41h68a2ddb_0  bioconda            
bioconductor-exomecopy          1.40.0   r41h68a2ddb_0  bioconda            
bioconductor-exomecopy          1.40.0   r41haba8685_1  bioconda   

目前，Conda R 用户可以使用与 R 4.1 绑定的最新 Bioconductor 3.14。