我無法安裝任何 Bioconductor package：“readRDS（dest）錯誤：從連接讀取錯誤”

Question

您好（這是我的第一條信息，如果有問題，我很抱歉），

這幾天我一直有這個問題。 我無法安裝新軟件包，我已經閱讀了類似的問題，但就我而言，僅當我嘗試安裝新的Bioconductor package 時（或者當我刪除舊的並嘗試重新安裝它時）才會出現問題。 問題是我總是得到下一條消息的一些變化（在這個例子中，我試圖安裝 ComplexHeatmap）：

BiocManager::install("ComplexHeatmap")

Bioconductor 版本 3.12 (BiocManager 1.30.13)、R 4.0.0 (2020-04-24) 安裝包“BiocVersion”、“ComplexHeatmap”還安裝依賴項“shape”、“rjson”、“BiocGenerics”、“ circlize，“GetoptLong”，“colorspace”，“clue”，“RColorBrewer”，“GlobalOptions”，“png”，“Cairo”，“S4Vectors”，“IRanges”，“matrixStats”

無法打開 URL
'https://bioconductor.org/packages/3.12/data/annotation/bin/windows/contrib/4.0/PACKAGES.rds'：HTTP 狀態為'404 Not Found'舊包：'installr'、'boot'、'類'，'集群'，'codetools'，'foreign'，'KernSmooth'，'lattice'，'MASS'，'Matrix'，'mgcv'，'nlme'，'nnet'，'spatial'，'survival'更新全部/部分/無？ [a/s/n]：更新全部/部分/無？ [a/s/n]：

它對我說我必須安裝 X 包，所以我輸入“a”然后發生這種情況：

readRDS(dest) 中的錯誤：從連接中讀取錯誤

第一次嘗試后，我只收到第二條消息，直到我重新啟動 R。

我努力了：

• 開始 Rscripts（或 Rmarkdowns）的新會話
• 刪除所有包（通過直接刪除文件夾）
• 卸載並重新安裝 R 和 RStudio（嘗試不同的版本，對於 R 低至 4.0）
• 重啟 R 和電腦

我嘗試安裝以前版本的 BiocManager，但無法安裝。 一切都更新了。 非常感謝您的關注，非常感謝您的幫助。

Answer 1

這是BiocManager 1.30.13 的一個已知問題。 通過運行以下命令安裝開發版本：

install.packages("devtools")    
devtools::install_github("Bioconductor/BiocManager", ref="ghost-binary-repo")