如何在 conda 環境中安裝 Bioconductor package“liftOver”？

Question

我正在嘗試使用 conda 安裝 Bioconductor package liftOver 。 我正在使用這樣的.yml文件創建一個 conda 環境： conda conda env create -f coo_environment.yml

當我這樣做時，我得到：

Collecting package metadata: done
Solving environment: failed

ResolvePackageNotFound:
  - bioconductor-liftover

coo_environment.yml的相關內容如下所示

name: coo

channels:
        - conda-forge
        - bioconda
dependencies:
        # R
        - bioconductor-exomeCopy
        - bioconductor-rtracklayer
        - bioconductor-liftOver

Answer 1

pyliftover是UCSC liftOver基因組坐標轉換的python實現。 因此，將yml中的最后一行更改為pyliftover 。 或者，您也可以使用ucsc-liftover 。

Answer 2

Bioconductor liftOver重新實現作為rtracklayer package 的一部分提供，因此bioconductor-rtracklayer就足夠了。

您可以使用 R 訪問 function

rtracklayer::liftOver