mzR封裝不可用Bioconductor，試圖安裝xcms

Question

嘗試在Ubuntu 10.04上安裝xcms時，我一直遇到依賴性問題。 目前我正在從源代碼安裝xcms。

以下是跟蹤：rob @ rob-desktop：〜/ Desktop $ sudo R CMD INSTALL xcms / *安裝到庫'/home/rob/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.10'

* installing *source* package ‘xcms’ ...
** libs
rm -f massifquant/xcms_massifquant.o massifquant/TrMgr.o massifquant/Tracker.o massifquant/SegProc.o massifquant/DataKeeper.o massifquant/OpOverload.o obiwarp/mat.o obiwarp/vec.o obiwarp/xcms_dynprog.o obiwarp/xcms_lmat.o xcms_obiwarp.o fastMatch.o mzClust_hclust.o mzROI.o util.o xcms.o
g++ -I/usr/share/R/include      -fpic  -g -O2 -c massifquant/xcms_massifquant.cpp -o massifquant/xcms_massifquant.o
massifquant/xcms_massifquant.cpp: In function ‘SEXPREC* massifquant(SEXPREC*, SEXPREC*, SEXPREC*, SEXPREC*, SEXPREC*, SEXPREC*, SEXPREC*, SEXPREC*, SEXPREC*, SEXPREC*, SEXPREC*, SEXPREC*, SEXPREC*, SEXPREC*)’:
massifquant/xcms_massifquant.cpp:120: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
massifquant/xcms_massifquant.cpp:120: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
massifquant/xcms_massifquant.cpp:120: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
massifquant/xcms_massifquant.cpp:120: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
massifquant/xcms_massifquant.cpp:120: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
massifquant/xcms_massifquant.cpp:120: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
massifquant/xcms_massifquant.cpp:120: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
g++ -I/usr/share/R/include      -fpic  -g -O2 -c massifquant/TrMgr.cpp -o massifquant/TrMgr.o
g++ -I/usr/share/R/include      -fpic  -g -O2 -c massifquant/Tracker.cpp -o massifquant/Tracker.o
g++ -I/usr/share/R/include      -fpic  -g -O2 -c massifquant/SegProc.cpp -o massifquant/SegProc.o
massifquant/SegProc.cpp: In member function ‘double SegProc::Rf_pt(double, double, int, int)’:
massifquant/SegProc.cpp:361: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
g++ -I/usr/share/R/include      -fpic  -g -O2 -c massifquant/DataKeeper.cpp -o massifquant/DataKeeper.o
g++ -I/usr/share/R/include      -fpic  -g -O2 -c massifquant/OpOverload.cpp -o massifquant/OpOverload.o
g++ -I/usr/share/R/include      -fpic  -g -O2 -c obiwarp/mat.cpp -o obiwarp/mat.o
g++ -I/usr/share/R/include      -fpic  -g -O2 -c obiwarp/vec.cpp -o obiwarp/vec.o
g++ -I/usr/share/R/include      -fpic  -g -O2 -c obiwarp/xcms_dynprog.cpp -o obiwarp/xcms_dynprog.o
g++ -I/usr/share/R/include      -fpic  -g -O2 -c obiwarp/xcms_lmat.cpp -o obiwarp/xcms_lmat.o
g++ -I/usr/share/R/include      -fpic  -g -O2 -c xcms_obiwarp.cpp -o xcms_obiwarp.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include      -fpic  -g -O2 -c fastMatch.c -o fastMatch.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include      -fpic  -g -O2 -c mzClust_hclust.c -o mzClust_hclust.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include      -fpic  -g -O2 -c mzROI.c -o mzROI.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include      -fpic  -g -O2 -c util.c -o util.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include      -fpic  -g -O2 -c xcms.c -o xcms.o
g++ -shared -o xcms.so massifquant/xcms_massifquant.o massifquant/TrMgr.o massifquant/Tracker.o massifquant/SegProc.o massifquant/DataKeeper.o massifquant/OpOverload.o obiwarp/mat.o obiwarp/vec.o obiwarp/xcms_dynprog.o obiwarp/xcms_lmat.o xcms_obiwarp.o fastMatch.o mzClust_hclust.o mzROI.o util.o xcms.o -L/usr/lib64/R/lib -lR
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
Error : package 'mzR' required by 'xcms' could not be found
ERROR: lazy loading failed for package ‘xcms’
* removing ‘/home/rob/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.10/xcms’
* restoring previous ‘/home/rob/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.10/xcms’

所以我用谷歌搜索了一段時間來試圖弄清楚如何安裝mzR。

我試圖打開R並使用：

來源（“http://bioconductor.org/biocLite.R”）biocLite（“mzR”）

這讓我：使用R版本2.10.1，生物安裝版本2.5.11。 安裝Bioconductor 2.5版軟件包：[1]“mzR”請稍候......

install.packages中的警告（pkgs = pkgs，repos = repos，...）：缺少參數'lib'：使用'/home/rob/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.10'警告消息：在getDependencies（pkgs，dependencies，available，lib）中：包'mzR'不可用

有線索嗎？

Answer 1

一些快速的：

• Ubuntu 10.04已有兩年半的歷史了。 也許你想考慮升級？

• R 2.10.1也是那么老。 你總是想要升級。 您可以通過在任何CRAN鏡像上查看src/bin/linux/ubuntu/來輕松地升級它。

• mzR取決於我們的Rcpp包

• Rcpp，如果你想要最近的版本，需要最近的R.所以如果我是你，我真的會升級R.

Answer 2

除了Dirk的回答，請注意mzR需要更新版本的R和Bioconductor; mzR因為BIOC 2.9（R-2.14）已問世。 一般情況下，建議使用最新的R for Bioc。