R如何安裝指定版本的生物導體包？

Question

我想使用的當前版本的包在 bioconductor 上失敗了。 然而，舊版本曾經可以工作。
我想知道如何安裝特定版本的生物導體包？
提前致謝。

在我的例子中，這個包叫做 biomaRt，失敗的版本是 2.34.2 而 2.34.0 是成功的。

重要更新：今年是 2022 年，我強烈建議您切換到企業中使用的編程語言。 與 R 不同，企業中使用的軟件確實具有非功能性要求，可以在現實生活場景中使用。 例如，檢查 Instagram/Twitter/Dropbox/Reddit 的后端服務中使用的技術，以及他們選擇這些技術的動機。 這已經是一個好的開始。

Answer 1

Bioconductor 在此處存儲包檔案：https ://bioconductor.org/packages/3.6/bioc/src/contrib/Archive/

1) 找到並下載您要安裝的版本。
2) 按照 Eugène Adell 在評論中的建議，使用 R CMD INSTALL yourpackage_version_x.yztar.gz 安裝它。
如果您在 bioconductor 存檔中找不到特定版本，請嘗試在包的 github 存儲庫中找到它。

Answer 2

我想要的DESeq2包版本是 1.24，位於 Bioconductor 版本 3.9 中。 Bioconductor 的當前發布版本是 3.10， DESeq2版本是 1.26。

因此，執行BiocManager::install("DESeq2")將產生版本 1.26。 為了獲得我想要的版本，我必須安裝與 Bioconductor 3.9 版本兼容的軟件包，使用

BiocManager::install(version = "3.9")

接着

BiocManager::install("DESeq2", version = "3.9")

這是來自我的sessionInfo()的一部分。 注意正確版本的 DESeq2。

> sessionInfo()
R version 3.6.2 (2019-12-12)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
Running under: Fedora 31 (Workstation Edition)

Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /usr/lib64/R/lib/libRblas.so

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=sl_SI.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=sl_SI.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8    LC_PAPER=sl_SI.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=sl_SI.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] parallel  stats4    stats     graphics  grDevices datasets  utils     methods   base     

other attached packages:
 [1] data.table_1.13.2           DESeq2_1.24.0               SummarizedExperiment_1.14.1 DelayedArray_0.10.0        
 [5] BiocParallel_1.18.1         matrixStats_0.57.0          Biobase_2.44.0              GenomicRanges_1.36.1       
 [9] GenomeInfoDb_1.20.0         IRanges_2.18.3              S4Vectors_0.22.1            BiocGenerics_0.30.0

Answer 3

嘗試在install.packages調用中添加repos = c("https://bioconductor.org/packages/3.5/bioc", "other CRAN repos that might be needed")選項以安裝以前版本的 Bioconductor 軟件包。 不建議從 tar.gz 存檔安裝特定版本，因為您最終可能會在 Bioconductor 安裝中使用相互不兼容的軟件包。