在 R 4.0.0 中安裝 Bioconductor 包

Question

我需要來自 Bioconductor-Library 的 package。 所以我安裝了 BiocManager-Package。 但是我不能通過安裝包

BiocManager::repositories()

只有這樣的消息：

in file(con r ) internetopenurl failed 'a connection with the server could not be established'

然而，正如所說，我能夠從 CRAN 安裝軟件包作為 BiocManager。 還有另一種安裝 Bioconductor-Packages 的方法嗎？ 也許將此存儲庫放入首選項中，但使用哪個 URL？

Answer 1

Go 到任何 package 的 BioConductor 網頁並按照說明進行操作。 例如對於BioBase ：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager") 
BiocManager::install("Biobase")

Answer 2

我發現自己需要從 bioconductor 安裝軟件包，它很簡單：

install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(c("GenomicFeatures", "AnnotationDbi"))

這將安裝生物導體包“GenomicFeatures”和“AnnotationDbi”（您可以將它們替換為其他生物導體包）

參考

• https://www.bioconductor.org/install/