Package 'stringr' 在 R 4.0.0 之前安裝：請重新安裝 BiocManager 安裝路徑不可寫，無法更新軟件包

Question

得到錯誤Error: package 'stringr' was installed before R 4.0.0: please re-install it and B iocManager Installation path not writeable, unable to update packages:

再往前走 rstudio 給了我

/usr/local/lib/R/lib/libR.so not found

Answer 1

在我的 Linux 盒子中從 R 3.6 升級到 4.0 時，我遇到了類似的問題。 我也在回答這個問題，因為這個問題是谷歌在尋找這個問題時給出的第一個結果之一。 事實證明，即使刪除了 R (apt purge)，系統中仍然存在一個文件夾，為將來的安裝帶來了很多問題。 我想鏈接這里給出的偉大答案並救了我： https://askubuntu.com/questions/1219737/installing-ggplot2-for-r-3-6-on-ubuntu-18-04

在 Linux 系統中，您應該查看：

$ ls /usr/local/lib/R/site-library

如果該文件夾有一個目錄列表，您應該刪除所有內容：

sudo rm -Rf /usr/local/lib/R/site-library

然后重新安裝 R 和所有庫。

Answer 2

這是關於如何修復這些錯誤的一個很長的答案，但我認為這是必要的，還包括提示和技巧（例如，現在（2020 年 7 月 25 日）不要安裝 R 4.0.2）。 這給我帶來了很大的痛苦，因為我在途中遇到了更多的錯誤。 Error: package 'stringr' was installed before R 4.0.0: please re-install it和 B iocManager Installation path not writeable, unable to update packages:

我在我的主文件夾中刪除了.RData（不可見，使用ls -la ）這解決了我在 R 4.0.0 錯誤之前安裝的問題，但沒有解決我的生物導體問題。 我認為如果您只有重新安裝錯誤，它可能會起作用。

經過多次嘗試讓我的包加載但只收到這些錯誤后，我選擇重新安裝 R。 在 R 中，我運行了.libpaths並刪除了每個目錄中的所有文件。 然后我通過從https://www.r-project.org/下載 R 重新安裝了 R 並在下載的文件夾./configure --enable-R-shlib --with-blas --with-lapack中運行了通用的編譯命令。 make sudo make install 。 rstudio 需要 --enable-R-shlib 才能使用 R，但其他則不需要。

2020 年 7 月 25 日，我嘗試從 ubuntu 上的 apt 安裝，但 rstudio 無法找到 libR.so（ /usr/local/lib/R/lib/libR.so not found的錯誤）。 我嘗試使用./configure --enable-R-shlib從源代碼 R 4.0.2 進行編譯，這應該會生成 libR.so，但這會返回錯誤。

I assume this to be an underlying problem as running ./configure --enable-R-shlib compile from source with R 4.0.0, I got the files and Rstudio opened up (please fix R 4.0.2 and subsequently apt).

然后我跑了將軍

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.11")

安裝 biocmanager，它終於奏效了。