Package 'stringr' 在 R 4.0.0 之前安装：请重新安装 BiocManager 安装路径不可写，无法更新软件包

Question

得到错误Error: package 'stringr' was installed before R 4.0.0: please re-install it and B iocManager Installation path not writeable, unable to update packages:

再往前走 rstudio 给了我

/usr/local/lib/R/lib/libR.so not found

Answer 1

在我的 Linux 盒子中从 R 3.6 升级到 4.0 时，我遇到了类似的问题。 我也在回答这个问题，因为这个问题是谷歌在寻找这个问题时给出的第一个结果之一。 事实证明，即使删除了 R (apt purge)，系统中仍然存在一个文件夹，为将来的安装带来了很多问题。 我想链接这里给出的伟大答案并救了我： https://askubuntu.com/questions/1219737/installing-ggplot2-for-r-3-6-on-ubuntu-18-04

在 Linux 系统中，您应该查看：

$ ls /usr/local/lib/R/site-library

如果该文件夹有一个目录列表，您应该删除所有内容：

sudo rm -Rf /usr/local/lib/R/site-library

然后重新安装 R 和所有库。

Answer 2

这是关于如何修复这些错误的一个很长的答案，但我认为这是必要的，还包括提示和技巧（例如，现在（2020 年 7 月 25 日）不要安装 R 4.0.2）。 这给我带来了很大的痛苦，因为我在途中遇到了更多的错误。 Error: package 'stringr' was installed before R 4.0.0: please re-install it和 B iocManager Installation path not writeable, unable to update packages:

我在我的主文件夹中删除了.RData（不可见，使用ls -la ）这解决了我在 R 4.0.0 错误之前安装的问题，但没有解决我的生物导体问题。 我认为如果您只有重新安装错误，它可能会起作用。

经过多次尝试让我的包加载但只收到这些错误后，我选择重新安装 R。 在 R 中，我运行了.libpaths并删除了每个目录中的所有文件。 然后我通过从https://www.r-project.org/下载 R 重新安装了 R 并在下载的文件夹./configure --enable-R-shlib --with-blas --with-lapack中运行了通用的编译命令。 make sudo make install 。 rstudio 需要 --enable-R-shlib 才能使用 R，但其他则不需要。

2020 年 7 月 25 日，我尝试从 ubuntu 上的 apt 安装，但 rstudio 无法找到 libR.so（ /usr/local/lib/R/lib/libR.so not found的错误）。 我尝试使用./configure --enable-R-shlib从源代码 R 4.0.2 进行编译，这应该会生成 libR.so，但这会返回错误。

I assume this to be an underlying problem as running ./configure --enable-R-shlib compile from source with R 4.0.0, I got the files and Rstudio opened up (please fix R 4.0.2 and subsequently apt).

然后我跑了将军

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.11")

安装 biocmanager，它终于奏效了。