在 R 4.0.0 中安装 Bioconductor 包

Question

我需要来自 Bioconductor-Library 的 package。 所以我安装了 BiocManager-Package。 但是我不能通过安装包

BiocManager::repositories()

只有这样的消息：

in file(con r ) internetopenurl failed 'a connection with the server could not be established'

然而，正如所说，我能够从 CRAN 安装软件包作为 BiocManager。 还有另一种安装 Bioconductor-Packages 的方法吗？ 也许将此存储库放入首选项中，但使用哪个 URL？

Answer 1

Go 到任何 package 的 BioConductor 网页并按照说明进行操作。 例如对于BioBase ：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager") 
BiocManager::install("Biobase")

Answer 2

我发现自己需要从 bioconductor 安装软件包，它很简单：

install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(c("GenomicFeatures", "AnnotationDbi"))

这将安装生物导体包“GenomicFeatures”和“AnnotationDbi”（您可以将它们替换为其他生物导体包）

参考

• https://www.bioconductor.org/install/