将 R CRAN、Bioconductor 和 github R 封装在一个 Z3254677A7917C6C5C7FFBF8 中导入

Question

我很抱歉，因为我认为这可能是一个简单的问题，但我真的很难理解！

As a background, I am trying to create a Dockerfile which installs a lot of R CRAN and R Bioconductor packages as well as some R packages from Github . 我想尽快完成此操作，因此我使用rocker的基础映像来安装二进制文件，请参阅此处以获取出色的快速教程： https://datawookie.dev/blog/2019/01/docker-images -for-rr-base-vs-r-apt/

我的方法是首先将我所有必要的包安装为二进制文件，如果有的话，从源代码安装它们。 之后，我使用Bioconductor基础镜像安装必要的Bioconductor软件包。

但是，在我导入Bioconductor基础镜像后，我通过rocker基础镜像安装的软件包不可用。 这是我觉得我对创建 Dockerfile 没有清晰理解的地方，但我似乎无法在任何文档中找到答案。 导入另一个图像后有什么方法可以复制这些吗？ 我不知道这是否有必要，我看到其他人也是这样做的，比如这里的问题海报： Minimizing the size of docker image R Z531704A02607A1646EFCF4C1FAE1EECZ6

需要注意的是，我导入了Bioconductor基础映像，因为我认为这将有助于处理依赖问题。 我想我可以安装Bioconductor软件包，例如 R 软件包，这些软件包不能作为二进制文件提供，但我想尽可能快速和干净地执行此操作，我认为这会减慢速度。

Essentially, I want to know what's the quickest way to install, R binaries, R non-binaries, R bioconductor and github packages all in one dockerfile.

下面是我的方法的一个示例，其中包含我需要的一小部分软件包。 Note, I have shown my full approach to install R binaries, R non-binaries, R bioconductor and github packages but for the issue I am having see what happens to the tidyverse R package before and after I import the Bioconductor image; 调用library(tidyverse)之前运行但之后失败：

Dockerfile

## Use r-ubuntu, prev r-apt:bionic to enable the use of binary r packages for speed for R 4.0
FROM rocker/r-ubuntu:18.04

## Install available binaries - for speed
RUN apt-get update && \
    apt-get install -y -qq \
r-cran-tidyverse \
r-cran-ids \
r-cran-snow

## Install remaining packages from source
COPY ./requirements-src.R .
RUN Rscript requirements-src.R

## This works
RUN R -e 'library(tidyverse)'

## Install Bioconductor packages
# Docker inheritance
FROM bioconductor/bioconductor_docker:RELEASE_3_12
COPY ./requirements-bioc.R .
#Don't bother running for speed but this will run
#RUN R -e 'BiocManager::install(ask = F)' && Rscript requirements-bioc.R

#This will fail - can't find the package
RUN R -e 'library(tidyverse)'

## Install from GH the following
#Don't bother running for speed but this will run
#RUN installGithub.r mojaveazure/loomR 


EXPOSE 8787

## Make R the default
CMD [”R”]

要求-src.R

pkgs <- c(
'spelling',
'english',
'DT'
)

install.packages(pkgs)

要求-bioc.R

bioc_pkgs<-c(
'biomaRt',
'DropletUtils',
'rhdf5'
)

BiocManager::install(bioc_pkgs,ask=F)

Answer 1

只是为了其他面临类似问题的人的利益，我将发布我的解决方案。 我并不是说这是唯一的解决方案，所以如果其他人找到更好的选择，我会更新它。

In the end my approach to creating docker image which installs a lot of R CRAN and R Bioconductor packages as well as some R packages from Github was:

1. 使用最新的Rocker RStudio 映像- 以二进制形式安装软件包，并使用正确的依赖项轻松调试 package，因为您可以交互地运行映像
2. 从最新的Bioconductor 映像安装所有库- 以确保您可以毫无问题地安装任何 Bioconductor package
3. 安装 CRAN 二进制文件
4. 从源代码安装 CRAN 包- 二进制文件不可用
5. 安装 Bioconductor 软件包
6. 安装 Github 包

我的解决方案按此顺序使用此步骤，并且应该证明是一种快速有效的解决方案（我的用例是 R package，它需要来自 CRAN、Bioconductor 和 ZE1ADBCBB92C622D0B3E619F 的 80 多个其他软件包作为运行时依赖项。原版），另外，由于我们使用的是最新版本的 Rocker RStudio 和软件包。 这应该与最新版本的软件和软件包保持同步。

Dockerfile 看起来像这样：

#LABEL maintainer="John Doe"

## Use rstudio installs binaries from RStudio's RSPM service by default,
## Uses the latest stable ubuntu, R and Bioconductor versions
FROM rocker/rstudio


## Add packages dependencies - from Bioconductor
RUN apt-get update \
        && apt-get install -y --no-install-recommends apt-utils \
        && apt-get install -y --no-install-recommends \
        ## Basic deps
        gdb \
        libxml2-dev \
        python3-pip \
        libz-dev \
        liblzma-dev \
        libbz2-dev \
        libpng-dev \
        libgit2-dev \
        ## sys deps from bioc_full
        pkg-config \
        fortran77-compiler \
        byacc \
        automake \
        curl \
        ## This section installs libraries
        libpcre2-dev \
        libnetcdf-dev \
        libhdf5-serial-dev \
        libfftw3-dev \
        libopenbabel-dev \
        libopenmpi-dev \
        libxt-dev \
        libudunits2-dev \
        libgeos-dev \
        libproj-dev \
        libcairo2-dev \
        libtiff5-dev \
        libreadline-dev \
        libgsl0-dev \
        libgslcblas0 \
        libgtk2.0-dev \
        libgl1-mesa-dev \
        libglu1-mesa-dev \
        libgmp3-dev \
        libhdf5-dev \
        libncurses-dev \
        libbz2-dev \
        libxpm-dev \
        liblapack-dev \
        libv8-dev \
        libgtkmm-2.4-dev \
        libmpfr-dev \
        libmodule-build-perl \
        libapparmor-dev \
        libprotoc-dev \
        librdf0-dev \
        libmagick++-dev \
        libsasl2-dev \
        libpoppler-cpp-dev \
        libprotobuf-dev \
        libpq-dev \
        libperl-dev \
        ## software - perl extensions and modules
        libarchive-extract-perl \
        libfile-copy-recursive-perl \
        libcgi-pm-perl \
        libdbi-perl \
        libdbd-mysql-perl \
        libxml-simple-perl \
        libmysqlclient-dev \
        default-libmysqlclient-dev \
        libgdal-dev \
        ## new libs
        libglpk-dev \
        ## Databases and other software
        sqlite \
        openmpi-bin \
        mpi-default-bin \
        openmpi-common \
        openmpi-doc \
        tcl8.6-dev \
        tk-dev \
        default-jdk \
        imagemagick \
        tabix \
        ggobi \
        graphviz \
        protobuf-compiler \
        jags \
        ## Additional resources
        xfonts-100dpi \
        xfonts-75dpi \
        biber \
        libsbml5-dev \
        && apt-get clean \
        && rm -rf /var/lib/apt/lists/*

#install R CRAN binary packages
RUN install2.r -e \
testthat

## Install remaining packages from source
COPY ./requirements-src.R .
RUN Rscript requirements-src.R

## Install Bioconductor packages
COPY ./requirements-bioc.R .
RUN apt-get update \
 && apt-get install -y --no-install-recommends \
   libfftw3-dev \
   gcc && apt-get clean \
 && rm -rf /var/lib/apt/lists/*
RUN Rscript -e 'requireNamespace("BiocManager"); BiocManager::install(ask=F);' \
&& Rscript requirements-bioc.R

## Install from GH the following
RUN installGithub.r theislab/kBET \
chris-mcginnis-ucsf/DoubletFinder \

请注意，来自源的 CRAN 包和 Bioconductor 包保存在与 Dockerfile 相同的文件夹中的单独脚本中。

要求-src.R：

pkgs <- c(
'spelling',
'english',
'Seurat')

install.packages(pkgs)

要求-bioc.R：

bioc_pkgs<-c(
'biomaRt',
'SingleCellExperiment',
'SummarizedExperiment')

requireNamespace("BiocManager")
BiocManager::install(bioc_pkgs,ask=F)