如何使用 littler 的 install2.r 從 bioconductor 安裝？

Question

我正在嘗試使用https://cran.r-project.org/web/packages/littler/vignettes/littler-examples.html#install2r:_With_Cmdline_Parsing安裝一些軟件包，在此期間我得到錯誤dependency 'graph' is not available 。 It appears that this package is available from Bioconductor project ( https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/graph.html ) but I don't know how to install it using install2.r .

那么，具體來說，如何使用install2.r安裝生物導體包？

Answer 1

你不能因為 BioConductor 使用不同的存儲庫結構。

但是因為這是一個足夠頻繁的問題，我最近添加了一個幫助腳本installBioc.r你使用。 要使用它，首先要做

 install.r littler BiocManager

確保我們擁有當前更小的版本以及我們需要的littler package BiocManager 。 然后使用例如

  /usr/local/lib/R/site-library/littler/examples/installBioc.r S4Vectors

它將 go 關閉並安裝BiocVersion ， S4Vectors以及依賴BiocGenerics 。