R - XCMS包錯誤

Question

我有以下問題：

.C中的錯誤（“NetCDFOpen”，as.character（filename），ncid = integer（1），status = integer（1）,: C符號名稱“NetCDFOpen”不在DLL中，用於包“xcms”

你是怎么得到這個錯誤的：

nc     <- xcms:::netCDFOpen(cdfFile)
ncData <- xcms:::netCDFRawData(nc)
xcms:::netCDFClose(nc)

我不知道為什么這不起作用，雖然它應該。 欲了解更多信息，請隨時詢問。 可以在TargetSearchData包中找到免費的.cdf文件。

代碼示例：

## The directory with the NetCDF GC-MS files
cdfpath <- file.path(.find.package("TargetSearchData"), "gc-ms-data")
cdfpath

Answer 1

我不認為它應該如你所暗示的那樣。 首先，您通過:::使用非導出函數。 另外，如錯誤消息所述，沒有定義的NetCDFOpen符號是dll / so文件。

使用xcms的標准輸入功能，工作順利：

> library("xcms")
> cdfpath <- file.path(.find.package("TargetSearchData"), "gc-ms-data")
> cdfFile <- dir(cdfpath, full.names=TRUE)[1]
> xs <- xcmsSet(cdfFile)
7235eg04: 135:168 185:314 235:444 285:580 
> xr <- xcmsRaw(cdfFile)

如果您確實想手動輸入數據，則應使用mzR包中的功能， xcms依賴於以下功能：

> openMSfile(cdfFile)
Mass Spectrometry file handle.
Filename:  /home/lgatto/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/2.16/TargetSearchData/gc-ms-data/7235eg04.cdf 
Number of scans:  4400 

最后，請注意始終提供sessionInfo的輸出，以確保您使用的是最新版本。 就我而言：

> sessionInfo()
R Under development (unstable) (2012-10-23 r61007)
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_GB.UTF-8        LC_COLLATE=en_GB.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_GB.UTF-8    LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=C                 LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] BiocInstaller_1.9.4 xcms_1.35.1         mzR_1.5.1          
[4] Rcpp_0.9.15        

loaded via a namespace (and not attached):
[1] Biobase_2.19.0     BiocGenerics_0.5.1 codetools_0.2-8    parallel_2.16.0   
[5] tools_2.16.0      

雖然如果您使用穩定版本的R和Bioconductor（目前為2.15.2 / 2.11 ）可能會有所不同。

希望這可以幫助。