使用 ggplot2 為堆疊條形圖維護 dataframe 的訂單

Question

使用以下 dataframe 和 ggplot...

sample ="BC04"
df<- data.frame(Name=c("Pseudomonas veronii", "Pseudomonas stutzeri", "Janthinobacterium lividum", "Pseudomonas viridiflava"),
                 Abundance=c(7.17, 4.72, 3.44, 3.33))

ggplot(data=df, aes(x=sample, y=Abundance, fill=Name)) +
  geom_bar(stat="identity")

...創建以下圖表

條形圖

盡管 "geom_bar(stat="identity")" 設置為 "identity"，但它仍然忽略 dataframe 中的順序。 我想根據豐度百分比獲得堆疊順序（最高百分比在頂部，升序排列）

Answer 1

早些時候，傳遞給ggplot的字符串是用aes_string評估的（現在已棄用）。 現在，我們將字符串轉換為sym並計算 ( !! )

library(ggplot2)
ggplot(data=df, aes(x= !! rlang::sym(sample), y=Abundance, fill=Name)) +
  geom_bar(stat="identity")

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或者另一種選擇是.data

ggplot(data=df, aes(x= .data[[sample]]), y=Abundance, fill=Name)) +
  geom_bar(stat="identity")

更新

通過檢查 plot，可能是 OP 創建了一個名為 'sample. 在這種情況下，我們根據“Abundance”的desc對“名稱” reorder

df$sample <- "BC04"
ggplot(data = df, aes(x = sample,  y = Abundance, 
  fill = reorder(Name, desc(Abundance)))) + 
       geom_bar(stat = 'identity')+ 
       guides(fill = guide_legend(title = "Name"))

-輸出

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或者另一種選擇是將“名稱”轉換為“名稱”的unique元素提到的levels的factor （因為數據已經按“豐度”的降序排列）

library(dplyr)
df %>%
  mutate(Name = factor(Name, levels = unique(Name))) %>% 
  ggplot(aes(x = sample, y = Abundance, fill = Name)) +
     geom_bar(stat = 'identity')