R Igraph 錯誤：“權重向量必須為正，值無效”

Question

我在 iGraph 中構建了幾個圖表。 在每個圖中，節點代表單詞，邊權重代表單詞 A 作為對單詞 B 的響應（在單詞關聯任務中）的次數。在每個圖中，我已經對邊權重進行了歸一化，以便它們在0 和 1 使用以下代碼：

E(G)$weight <- E(G)$weight / max(E(G)$weight)

這些值在分析節點/網絡強度時是合適的，但在計算與介數有關的函數時（例如調用介數 function，或使用基於介數的社區檢測，它們需要更改為距離 - 即倒置：

G2 = G
E(G2)$weight = 1 - E(G2)$weight

問題是這會導致向量包含幾個 0（即對於那些在反轉之前強度為 1 的向量。這會導致（至少，我認為這是原因）出現錯誤消息，例如：

Error in cluster_edge_betweenness(G2.JHJ.strong, weights = E(G2.JHJ.strong)$weight,  : 
  At community.c:455 : weights must be strictly positive, Invalid value

關於這個還能做什么？

謝謝，

彼得

Answer 1

如果你想安全起見，你可以嘗試sum而不是max來標准化權重，例如，

E(G)$weight <- E(G)$weight / sum((E(G)$weight)

或者

E(G)$weight <- 2**((E(G)$weight - min(E(G)$weight)) / diff(range(E(G)$weight)))