argparse 處理 bash 命令中的字符串和空格

Question

我有一個想要在 HPC 集群上運行的 bash 作業。 在我的 bash 腳本中，我使用的是 Job Arrays，所以我不會為要提交的每個作業編寫單獨的腳本。 為了提高效率，我將所有要執行的命令（數組中的每個作業 1 個命令）存儲在.txt文件中，如下所示：

python mybashtest.py --fname 'Sofia' --lname 'Ghnam'
python mybashtest.py --fname 'Loulou' --lname 'Ghnam'
python mybashtest.py --fname 'Leen' --lname 'hkg02'
python mybashtest.py --fname 'Leen Khaled' --lname 'Gh'

我正在使用 python 的argparse來解析 arguments。 這是我的 python 腳本：

import argparse

parser = argparse.ArgumentParser(description='My script')
parser.add_argument('--fname', type=str, default='')
parser.add_argument('--lname', type=str, default='')

parsed_args = parser.parse_args()

if __name__ == '__main__':
    print(parsed_args.fname + " " + parsed_args.lname)

這是我用來運行作業數組的 shell 腳本：

#!/usr/bin/env bash

#SBATCH --job-name=all_jobs
#SBATCH --account=hkg02
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --array=1-3

module load python/3
# Print the task id.
echo "My SLURM_ARRAY_TASK_ID: " $SLURM_ARRAY_TASK_ID
# here the head -n $SLURM_ARRAY_TASK_ID reads the first n lines 
# from the txt file of job command, the # tail -n 1 takes the last line of those.
# A simple trick to associate the Job array number 
# with the appropriate line number in the txt file of command
srun $(head -n $SLURM_ARRAY_TASK_ID jobstest.txt | tail -n 1)

我有以下兩個問題：

1. 我的程序的output如下（以第一份工作為例）

    My SLURM_ARRAY_TASK_ID: 1 'Sofia' 'Ghnam'

   我不希望''成為印刷 output 的一部分。 我不確定它們為什么會出現； 通常我會在''中傳遞任何字符串，因為字符串可能包含空格。 發生這種情況時，請參閱第二個項目符號：
2. 在最后的工作中，我傳遞的字符串在--fname 'Leen Khaled'之間有間隔，我遇到了以下錯誤

我的 SLURM_ARRAY_TASK_ID：4 用法：mybashtest.py [-h] [--fname FNAME] [--lname LNAME] mybashtest.py：錯誤：無法識別的 arguments：Khaled' srun：錯誤：onode08：任務 0：以退出代碼 2 退出3.列表項

Answer 1

經過幾天的嘗試解決這個問題，以下是我所做的：

1. 為解決問題 1，bash 采用不帶空格的字符串，因此無需將它們包含在雙引號""或單引號''
2. 為了解決問題 2，事實證明，要讓 bash 接受帶空格的字符串，我們必須將這些字符串初始化為變量，然后適當地使用它們，如下所示：

#!/usr/bin/env bash

#SBATCH --job-name=all_jobs
#SBATCH --account=hkg02
#SBATCH --nodes=1

var1="Leen Khaled"
module load python/3
python mybashtest.py --fname "${var1}" --lname Gh

這將是 output：

Leen Khaled Gh