將xml格式轉換為r中的數據幀

Question

我有一個水族館監控系統，它以 XML 格式記錄數據，我在本地檢索這些數據。 這是結構的示例；

<datalog>
    <record>
        <date>20210301 00:00</date>
        <probe>
            <name>Tank1Temp</name>
            <type>Temperature</type>
            <value>10.4</value>
        </probe>
        <probe>
            <name>Tank1Sal</name>
            <type>Salinity</type>
            <value>28.0</value>
        </probe>
        <probe>
            <name>Tank1pH</name>
            <type>pH</type>
            <value>8.0</value>
        </probe>
    </record>
    <record>
        <date>20210301 00:01</date>
        <probe>
            <name>Tank1Temp</name>
            <type>Temperature</type>
            <value>10.5</value>
        </probe>
        <probe>
            <name>Tank1Sal</name>
            <type>Salinity</type>
            <value>28.1</value>
        </probe>
        <probe>
            <name>Tank1pH</name>
            <type>pH</type>
            <value>8.0</value>
        </probe>
    </record>
</datalog>

這是一個非常簡化的示例，記錄每分鍾記錄 24 小時，因此該塊每天重復 1440 次。 與上面的三個示例相比，記錄的每條記錄的探測次數也多得多。

我想把它變成一個包含“日期”、“名稱”、“類型”、“值”列的數據框。 我在 web 上遇到了類似的問題，但沒有一個解決方案適合我。 我認為這是因為探針都嵌套在日期中，並且示例更“簡單”，並且沒有解釋如何處理嵌套結構。

到目前為止，我可以讓 R 從系統中讀取數據（它連接到只能在本地訪問的路由器）但是一旦在 R 中我迷路了。 我嘗試使用以下代碼；

dataframe <- xmlToDataFrame(getNodeSet(data.20210225, c("//record/date", "//record/probe")))

這會產生一個看起來像的數據框；

文本	姓名	類型	價值
20210301 00:00	不適用	不適用	不適用
不適用	Tank1Temp	溫度	10.4
不適用	Tank1Sal	鹽度	28.0
不適用	Tank1pH	酸鹼度	8.0
20210301 00:01	不適用	不適用	不適用
不適用	Tank1Temp	溫度	10.5
不適用	Tank1Sal	鹽度	28.1
不適用	Tank1pH	酸鹼度	8.0

這在保存數據方面是有效的，但由於所有的 NA，它對於分析不是很有用。

任何幫助是極大的贊賞。

如何將此 XML 變成數據框？ 還是讓數據框對我的分析更友好？

Answer 1

考慮通過使用xpathApply構建單個<record>級別數據幀的列表來擴展您的數據幀處理，以便在最后進行最終的rbind編譯：

recds <- xpathApply(data.20210225, "//record", function(x) {
             # ADD CLEANED NEW date COLUMN  
             df <- within(xmlToDataFrame(x), { date <- text[1] })

             # RE-ORDER/SUBSET COLS, DROP FIRST ROW, RESET ROWNAMES
             data.frame(df[-1, c("date", "name", "type", "value")], row.names=NULL)
         })

final_df <- do.call(rbind, recds)
final_df
#             date      name        type value
# 1 20210301 00:00 Tank1Temp Temperature  10.4
# 2 20210301 00:00  Tank1Sal    Salinity  28.0
# 3 20210301 00:00   Tank1pH          pH   8.0
# 4 20210301 00:01 Tank1Temp Temperature  10.5
# 5 20210301 00:01  Tank1Sal    Salinity  28.1
# 6 20210301 00:01   Tank1pH          pH   8.0