如何使用 R 上的二進制數據進行重復測量方差分析

Question

我正在研究三周內海鞘幼蟲的生存情況，以及定居者的大小或它們所在的培養皿（因為每個培養皿中都有隨機數量的海鞘）或它們所屬的運行有任何重大影響關於他們的生存。 我不期望培養皿和運行有任何意義，但是我的教授仍然希望我將它們包括在我的 ANOVA 中，以便以后能夠在統計上排除它們。 這是我一直在嘗試運行的所有編碼：

 Ascidians <- Ascidians %>%
      gather(key = "Week", value = "Survival", Survival.W1, 
         Survival.W2, Survival.W3) %>%
  convert_as_factor(Week)

Ascidians %>%
  group_by(Settler.Size, Week) %>%
  shapiro_test(Survival)

ggqqplot(Ascidians, "Survival", ggtheme = theme_bw())+
  facet_grid(Week~Settler.Size, labeller= "label_both")

res.aov <- anova_test(data = Ascidians, dv = Survival,
                      wid = Run, within = c(Settler.Size, Week))

get_anova_table(res.aov)

但是，當我運行 shapiro_test 時，我收到此錯誤消息：

Error: Problem with `mutate()` input `data`.
x Problem with `mutate()` input `data`.
x sample size must be between 3 and 5000
i Input `data` is `map(.data$data, .f, ...)`.
i Input `data` is `map(.data$data, .f, ...)`.

它不允許我運行，

res.aov <- anova_test(data = Ascidians, dv = Survival,
                  wid = Run, within = c(Settler.Size, Week))

我嘗試將其作為一種開始的單向方法，然后繼續添加變量，直到我添加了所有變量，但是，它不會讓我運行雙向重復方差分析，更不用說我認為的三向重復方差分析這是由於數據是二進制的嗎？ 任何幫助將不勝感激，謝謝！

我的數據

    Run Petri.dish Settler.Size Survival.W1 Survival.W2 Survival.W3
1   1          1     20130.03           0           0           0
2   1          1     23694.39           1           1           1
3   1          2     19421.20           1           1           1
4   1          2     25820.88           0           0           0
5   1          2     21432.59           0           0           0
6   1          2     18605.33           0           0           0

Answer 1

我認為您可能只想按Week而不是Settler.Size分組，因為按Settler.Size分組只會在每個組中為您提供一行。

library(dplyr)
library(rstatix)

Ascidians %>% group_by(Week) %>% shapiro_test(Survival)