使用 python 平均多個 netCDF4 文件

Question

我在 python 菜鳥中有點 netCDF 所以請原諒這個菜鳥問題。

我有一個文件夾，里面裝滿了大約 3650 個 netCDF4 文件。 每天一個文件，持續十年。 尼羅河被命名為 yyyymmdd.nc（例如 20100101,20100102,20100103 等）。 每個.nc 文件都包含同一區域（湯加專屬經濟區的一部分）的某個時間點的緯度、經度和溫度。

我想要做的是從所有文件中計算每個緯度和經度的平均溫度，即我想最終得到一個具有相同緯度和經度以及 10 年平均溫度的文件。

我嘗試過不同的東西/版本的代碼，通常，它們最終看起來像這樣......

files = glob('*.nc')
ds = xr.open_mfdataset(files,)
mean = np.mean(ds['temp'][:, 0].values)

......此代碼將為我提供所有.nc 文件的 a.nc 文件中的平均溫度，而不是基於 lat 和 lon 的十年文件中的平均溫度。

非常感謝所有和任何幫助。

謝謝你。

Answer 1

假設您正在使用 linux/macOS，這可以使用我的 nctoolkit 包輕松完成（請參閱此處的詳細信息）。

下面將計算所有文件的平均值，然后計算 plot 結果：

import nctoolkit as nc
files = glob('*.nc')
ds = nc.open_data(file)
ds.ensemble_mean()
ds.plot()

nctoolkit 默認使用 CDO 作為后端，但也可以使用 NCO，這可以提高性能。 所以以下可能會更快：

import nctoolkit as nc
files = glob('*.nc')
ds = nc.open_data(file)
ds.ensemble_mean(nco=True)
ds.plot()

Answer 2

您可以使用 cdo package 在輸入文件名中使用通配符來執行此操作。 不過，我只用少量文件對其進行了測試，但需要注意的是，您可能會達到系統打開文件數量的限制。

from cdo import *
cdo=Cdo()
cdo.ensmean(input='*.nc',output='ensmean.nc')

這基本上相當於命令行調用 cdo

cdo ensmean *.nc ensmean.nc 

也就是說，在我看來，將它們放在一起然后使用 timmean 會更好：

cdo.timmean(input=cdo.mergetime(input='*.nc'),output='timmean.nc')

這又是 python 等價於

cdo mergetime *.nc all.nc
cdo timmean all.nc timmean.nc 

嘗試兩者，看看哪個有效/最快:-)