庫未加載：@rpath/libhdf5.103.dylib 導入 scanpy 和表時

Question

我已經在 PyCharm（表格、numpy 等）中安裝了 scanpy 和所有必要的相關包，但是當我嘗試導入 scanpy 時，我收到以下錯誤：

ImportError: dlopen(/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-packages/tables/utilsextension.cpython-39-darwin.so, 2): Library not loaded: @rpath/libhdf5.103.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-packages/tables/utilsextension.cpython-39-darwin.so
  Reason: image not found

當我嘗試導入表時出現同樣的錯誤，所以這似乎是導入 package（scanpy 所依賴的）的根本問題。 我已經嘗試卸載並重新安裝 scanpy 和 tables，以及 PyCharm 本身，但我仍然收到此錯誤。

我是新手，老實說，我什至不確定如何解釋上面的錯誤消息或解決這個問題。 libhdf5.103.dylib 應該存儲在其他地方嗎？ 看起來 libhdf5.103.dylib 當前存在於我的計算機上的 usr > opt > anaconda3 > lib 下。 還有其他問題嗎？

Answer 1

我遇到過同樣的問題。 從 conda 安裝 pytables 解決了這個問題

conda install -c anaconda pytables

然后我使用 pip 安裝了 scanpy

Answer 2

Neuronur 工作的技巧。 如果您想節省一些存儲空間，使其工作的基本方法是在您的環境中創建符號鏈接： ln -s /Users/yourLocalUserName/miniconda3/envs/your_envs_name/lib/libhdf5.dylib /Users/yourLocalUserName/miniconda3/envs/your_envs_name/lib/libhdf5.103.dylib

ln -s /Users/yourLocalUserName/miniconda3/envs/your_envs_name/lib/libhdf5_cpp.dylib /Users/yourLocalUserName/miniconda3/envs/your_envs_name/lib/libhdf5_cpp.103.dylib