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試圖連接 12 個 AnnData 對象的列表，但得到了重復項

[英]Trying to concat a list of 12 AnnData objects but am getting duplicates

我正在通過部分遵循此處的本指南來准備用於軌跡分析的實驗數據，並且我有一個列表，其中包含 12 個 AnnData 對象，我將它們作為 loom 文件讀入。 其中 6 個來自一次測序運行，而另外 6 個來自另一次。 我按照上述鏈接的建議使用 velocyto 生成拼接/未拼接計數矩陣，這就是我獲得織機 ...

在 python 中安裝 scanpy 時遇到問題

[英]Having trouble in installing scanpy in python

我的python版本是3.8。 但是，當我嘗試在 jupyter notebook 中使用此命令pip install scanpy時，我收到以下錯誤消息： 現在我不明白我應該怎么做才能解決這個問題。 請幫助我。 安裝掃描儀我已經在 shell 中運行了這個命令，但是當我使用 jypyter not ...

scanpy 高度可變基因

[英]scanpy highly variable genes

使用 scanpy 過濾高度可變的基因在 Windows 中不起作用。 使用 Mac 時，相同的命令沒有問題。 該錯誤是錯誤的，因為 scikit-misc 已經安裝並且滿足了要求。 ...

比較表達式級別時的數據框錯誤：TypeError：無序分類只能比較相等與否

[英]dataframe error when comparing expression levels: TypeError: Unordered Categoricals can only compare equality or not

我正在使用從使用 scanpy 分析單細胞 RNAseq 數據中收集的 anndata 對象以獲取集群。 這在過程中還很遠（接近完成），我現在正試圖從我的數據中獲取萊頓簇中某些標記基因的平均表達列表。 我在以下點遇到錯誤。 mean_expression： 錯誤發生在這里 我有代碼 ...

如何獲取Anndata的特定RNA序列？

[英]How to get specific RNA sequence of Anndata?

我有一個問題，我不知道如何開始。 我們做了一個 scRNA 測序實驗，我現在有一個 AnnData 數據集。 我主要通過使用 scanpy 庫已經對該數據集了解很多，我想通過提取在 3'UTR 中具有特定 RNA 序列的基因來“完成”分析。 不幸的是，我不知道如何解決這個問題，因為我不是生物信息學 ...

Gseapy：如何獲取用於每個途徑的基因列表

[英]Gseapy: how to get gene list used for each pathway

我正在使用 gseapy 富集器對基因列表進行富集分析。 我正在使用以下代碼： 結果如下所示： 我的問題是，我如何獲得用於各個途徑的全套基因（圖片中最右邊的一列）？ 如果我嘗試下面的代碼，它只會給我已經顯示的基因。 我添加了一些更正以獲得一個列表，然后我可以進一步用於分析。 我認為 ...

scv.pl.proportions()：“Cellrank”工作流程中的 numpy.AxisError

[英]scv.pl.proportions(): numpy.AxisError in `Cellrank` workflow

我是使用 python 分析 scRNA-seq 的新手。 我運行cellrank工作流程，總是發現這個錯誤。 這是我的Cellrank代碼： 錯誤代碼： 我嘗試使用SeuratDisk或loom從seurat對象中獲取h5ad 。 我認為這一定是這個進展中的一些問題。 這是教程中的 an ...

帶有樹狀圖的 scanpy 相關矩陣

[英]scanpy correlation matrix with dendrogram

我嘗試使用我自己的 RNAseq 數據集重新創建 scanpy 教程中描述的相關矩陣。 scanpy 中相關的 function 是： sc.pl.correlation_matrix和 plot 看起來像這樣： 這里的主要問題是：不同細胞類型之間的皮爾遜相關性是如何計算的，而每種細胞類型的矩陣 ...

Python 導入 package 好像是一個模塊

[英]Python importing package as if it is a module

I've been having a lot of trouble importing a package in Python called "scanpy" - I've been trying to follow this tutorial here ( https://scanpy-tuto ...

熊貓交叉表 function 獲取條件編號

[英]Panda crosstab function getting number for conditions

我不確定標題是否選對了，抱歉。 如果這已經涵蓋，請讓我知道我在哪里找不到它。 對於我正在做的分析，我在 JupyterLab 工作，主要是 scanpy。 我想查看在萊頓聚類中共表達某些基因的細胞數量。 到目前為止，我正在嘗試使用 pandas 交叉表 function 並獲得每個集群的編號。 但是 ...

Kivy/KivyMD 應用程序在 venv 環境中運行良好，但在 exe 文件中崩潰

[英]Kivy/KivyMD app runs fine in venv environment but crashes in exe file

我嘗試使用我使用 Kivy/KivyMD 編寫的代碼制作一個 exe 文件。 我能夠成功生成exe文件。 但是在我單擊列表項之一后，應用程序崩潰並引發錯誤： 要重現錯誤，請使用此處的代碼： 根據錯誤，這是因為這里的代碼： https://github.com/theislab/scanpy/blob ...

在 scanpy 中執行 sc.tl.rank_genes_groups 后將基因列表導出到 .csv

[英]Exporting a list of genes to .csv after carrying out sc.tl.rank_genes_groups in scanpy

我對 Python 和 Scanpy 比較陌生，最近我通過使用 sc.tl.rank_genes_groups scanpy 中的函數.. 然后我可以通過執行此命令集將這些基因列在控制台中 但是，我希望可以通過 csv 文件訪問它，因為此列表沒有顯示所有基因......任何幫助將不勝感激！ ...

如何在`scanpy.pl.heatmap`圖中添加一個顏色條來用`annadata.obs['samples']`標記來自哪個樣本的單元格？

[英]How to add a color bar to label the cells from which sample with `annadata.obs['samples']` in the `scanpy.pl.heatmap` plot?

誰能幫助我，告訴我：如何添加顏色條標記的細胞從樣品與annadata.obs['samples']在scanpy.pl.heatmap圖（ https://scanpy.readthedocs.io/en /stable/generated/scanpy.pl.heatmap.html ）？ 非常 ...

庫未加載：@rpath/libhdf5.103.dylib 導入 scanpy 和表時

[英]Library not loaded: @rpath/libhdf5.103.dylib when importing scanpy and tables

我已經在 PyCharm（表格、numpy 等）中安裝了 scanpy 和所有必要的相關包，但是當我嘗試導入 scanpy 時，我收到以下錯誤： 當我嘗試導入表時出現同樣的錯誤，所以這似乎是導入 package（scanpy 所依賴的）的根本問題。 我已經嘗試卸載並重新安裝 scanpy 和 tab ...

安裝 Scanpy 時如何解決“不兼容的 numba”錯誤？

[英]How do I solve “incompatible numba” error while installing Scanpy?

我嘗試使用“pip install Scanpy”在 Jupyter 上安裝 Scanpy package，但出現以下錯誤； 錯誤：pynnescent 0.5.2 要求 numba>=0.51.2，但您將擁有不兼容的 numba 0.48.0。 錯誤：umap-learn 0.5.1 要求 ...


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