如何在 Python 中將 DNA 序列列表轉錄為 RNA

Question

我正在嘗試返回從 DNA 序列轉錄的 RNA 序列列表。 理想情況下，它應該如下所示：

DNA_seq = ['AGGTC','TTGACT','ATGGCA']
RNA_seq = ['UCCAG','AACUGA','UACCGU']

根據我的理解，字典應該有助於存儲每個核苷酸及其相應鹼基對的鍵值對。 這是我到目前為止所擁有的：

def RNA(DNA_strand):
    mapping = {'G':'C', 'C':'G', 'T':'A', 'A':'U'}
    rna_strand = ''
    for char in DNA_strand:
        rna_strand += mapping[char]
    return rna_strand
RNA_seq = []
for x in DNA_seq:
    RNA_seq.append(RNA(x))

我有點拼湊起來，但我似乎仍然不夠有效。 任何幫助將非常感激！

Answer 1

您可以利用str.maketrans創建映射，然后使用str.translate執行替換：

mapping = str.maketrans("GCTA", "CGAU")

for dna in "AGGTC", "TTGACT", "ATGGCA":
    print(dna.translate(mapping))

輸出：

UCCAG
AACUGA
UACCGU
>>> 

str.maketrans返回有序鍵值對的字典。

Answer 2

映射絕對是這里的正確方法。 但是，您可以在一行中完成所有這些任務，而無需進行所有循環：

RNA_seq = ["".join([mapping[char] for char in DNA_strand]) for DNA_strand in DNA_seq]

此外，這將顯着提高效率，因為：

• 它不會為每個字符執行str連接；
• 在這種情況下，list comp 比相應的 for 循環更快，因為它避免了多次list.append()調用的開銷。