如何在 Python 中将 DNA 序列列表转录为 RNA

Question

我正在尝试返回从 DNA 序列转录的 RNA 序列列表。 理想情况下，它应该如下所示：

DNA_seq = ['AGGTC','TTGACT','ATGGCA']
RNA_seq = ['UCCAG','AACUGA','UACCGU']

根据我的理解，字典应该有助于存储每个核苷酸及其相应碱基对的键值对。 这是我到目前为止所拥有的：

def RNA(DNA_strand):
    mapping = {'G':'C', 'C':'G', 'T':'A', 'A':'U'}
    rna_strand = ''
    for char in DNA_strand:
        rna_strand += mapping[char]
    return rna_strand
RNA_seq = []
for x in DNA_seq:
    RNA_seq.append(RNA(x))

我有点拼凑起来，但我似乎仍然不够有效。 任何帮助将非常感激！

Answer 1

您可以利用str.maketrans创建映射，然后使用str.translate执行替换：

mapping = str.maketrans("GCTA", "CGAU")

for dna in "AGGTC", "TTGACT", "ATGGCA":
    print(dna.translate(mapping))

输出：

UCCAG
AACUGA
UACCGU
>>> 

str.maketrans返回有序键值对的字典。

Answer 2

映射绝对是这里的正确方法。 但是，您可以在一行中完成所有这些任务，而无需进行所有循环：

RNA_seq = ["".join([mapping[char] for char in DNA_strand]) for DNA_strand in DNA_seq]

此外，这将显着提高效率，因为：

• 它不会为每个字符执行str连接；
• 在这种情况下，list comp 比相应的 for 循环更快，因为它避免了多次list.append()调用的开销。