如何在 Python 中将 DNA 列表序列转换为蛋白质序列

Question

以下是我正在使用的当前价值观：

DNA_list=['ATTGAT','CTGGCA','TAGGAC','GAGGCT'] #transcription
RNA_list=['UAACUA','GACCGU','AUCCUG','CUCCGA']
protein_list=['_L','DV','IL','LR']

我需要帮助将 DNA 序列列表转换为蛋白质序列。 本质上，程序应该读取 3 对 RNA_list 以模拟密码子读取，然后获取 3 个序列并从字典或任何存储有氨基酸的东西（例如 BioPython 或其他一些模块）中提取值。 这是我到目前为止所拥有的，但我只能从单个序列而不是列表中完成此操作：

  codon = {"AAA":"K", "AAC":"N", "AAG":"K", "AAU":"N", 
           "ACA":"T", "ACC":"T", "ACG":"T", "ACU":"T", 
           "AGA":"R", "AGC":"S", "AGG":"R", "AGU":"S", 
           "AUA":"I", "AUC":"I", "AUG":"M", "AUU":"I", 
           
           "CAA":"Q", "CAC":"H", "CAG":"Q", "CAU":"H", 
           "CCA":"P", "CCC":"P", "CCG":"P", "CCU":"P", 
           "CGA":"R", "CGC":"R", "CGG":"R", "CGU":"R", 
           "CUA":"L", "CUC":"L", "CUG":"L", "CUU":"L", 

           "GAA":"E", "GAC":"D", "GAG":"E", "GAU":"D", 
           "GCA":"A", "GCC":"A", "GCG":"A", "GCU":"A", 
           "GGA":"G", "GGC":"G", "GGG":"G", "GGU":"G", 
           "GUA":"V", "GUC":"V", "GUG":"V", "GUU":"V", 

           "UAA":"_", "UAC":"Y", "UAG":"_", "UAU":"T", 
           "UCA":"S", "UCC":"S", "UCG":"S", "UCU":"S", 
           "UGA":"_", "UGC":"C", "UGG":"W", "UGU":"C", 
           "UUA":"L", "UUC":"F", "UUG":"L", "UUU":"F"}
protein_seq = ""
for x in range(0, len(RNA_list),3):
       codon=RNA_list[i:i+3]
       protein_seq += RNA_codon[codon]

同样的问题是这仅适用于单个序列，而不适用于列表。 任何帮助将不胜感激！

Answer 1

这行不通？

result = []
for rna in RNA_list:
    protein_seq = ""
    for i in range(0, len(rna),3):
           codon=rna[i:i+3]
           protein_seq += RNA_codon[codon]
    result.append(protein_seq)

Answer 2

result = []
for rna in RNA_list:
    protein_seq = ""
    for i in range(0, len(rna), 3):
        rna_codon = codon[rna[i:i+3]]
        protein_seq += rna_codon
    result.append(protein_seq)
print(result)

i和x是不同的变量。 您需要两个循环，外部循环遍历序列列表，内部循环遍历每个序列。

请注意，结果与protein_list不同，第二个元素是DR ，而不是DV 。