安裝非CRAN package需要CRAN鏡像

Question

我正在嘗試在基於 Linux 的計算集群上安裝R-INLA 項目的 INLA INLA 。 package 不在 CRAN 上。 根據他們的教程，使用就足夠了

install.packages("INLA",repos=c(getOption("repos"),INLA="https://inla.r-inla-download.org/R/stable"), dep=TRUE)

用於安裝，在我的本地機器上運行良好。 但是，在計算集群上，似乎需要 CRAN 鏡像才能運行此命令，我收到以下錯誤：

Error in contrib.url(repos, type) : 
  trying to use CRAN without setting a mirror
Calls: install.packages -> startsWith -> contrib.url
Execution halted

作為替代方案，我嘗試使用devtools直接從相應的 GitHub 存儲庫安裝 package。 出於某種原因，這給了我明顯不正確的版本號INLA_99.99.9999 。 這禁止我通過INLA:::inla.binary.install()手動添加必要的二進制文件，因為找不到版本號。 任何幫助表示贊賞！

Answer 1

您依賴於 (R global) options()在集群上具有有效的repos條目。

你...不能作為 base R 船（來源）沒有 base R 核心感覺，對或錯，他們不能播放收藏夾並設置一個。 我們中的一些人認為這是錯誤的（因為它削弱了用戶體驗——就像你在這里一樣）所以在 Debian（以及因此的 Ubuntu）package 中，我將它設置為每個人都接近的“雲”鏡像，因為它在CDN上：

edd@rob:~$ tail -6 /usr/lib/R/etc/Rprofile.site 
## We set the cloud mirror, which is 'network-close' to everybody, as default
local({
    r <- getOption("repos")
    r["CRAN"] <- "https://cloud.r-project.org"
    options(repos = r)
})
edd@rob:~$ 

我建議你也這樣做，也許在集群上的~/.Rprofile中。