Rmarkdown中的CRAN鏡像

Question

我對Rmarkdown非常陌生，並且在設置庫時遇到問題，我稍后將在文檔中使用它。

我的.Rmd文件：

# Rmarkdown for tree
#### 
#### 

### load packages
```{r}
library(ctv)
install.views('Phylogenetics')
update.views('Phylogenetics')
library(ape)
library(adegenet)
library(phangorn)
```

我將收到的錯誤消息是

error in available.views(repos = repos) : trying to use CRAN without setting a mirror Calls: 
<Anonymous> ... install.views -> .get_pkgs_from_ctv_or_repos -> available.views

如何成功安裝軟件包，以便下游分析能夠正常工作？

謝謝！

Answer 1

該解決方案是兩個要素的組合。 首先，不要先檢查R Markdown中的代碼塊是否已安裝，再通過代碼塊安裝它們。

您可以使用@Frank的答案以編程方式定義鏡像。

您的設置塊應如下所示（存儲庫和軟件包僅供說明，請相應地更改）：

```{r setup, include=FALSE, echo=FALSE}
r <- getOption("repos")
r["CRAN"] <- "http://cran.cnr.berkeley.edu/"
options(repos = r)

if(!require(gridExtra)){
  install.packages("gridExtra")
}

if(!require(autocrop)){
  devtools::install_github("jhollist/autocrop")
}

library("gridExtra")
library("autocrop")

```