Rmarkdown中的CRAN镜像

Question

我对Rmarkdown非常陌生，并且在设置库时遇到问题，我稍后将在文档中使用它。

我的.Rmd文件：

# Rmarkdown for tree
#### 
#### 

### load packages
```{r}
library(ctv)
install.views('Phylogenetics')
update.views('Phylogenetics')
library(ape)
library(adegenet)
library(phangorn)
```

我将收到的错误消息是

error in available.views(repos = repos) : trying to use CRAN without setting a mirror Calls: 
<Anonymous> ... install.views -> .get_pkgs_from_ctv_or_repos -> available.views

如何成功安装软件包，以便下游分析能够正常工作？

谢谢！

Answer 1

该解决方案是两个要素的组合。 首先，不要先检查R Markdown中的代码块是否已安装，再通过代码块安装它们。

您可以使用@Frank的答案以编程方式定义镜像。

您的设置块应如下所示（存储库和软件包仅供说明，请相应地更改）：

```{r setup, include=FALSE, echo=FALSE}
r <- getOption("repos")
r["CRAN"] <- "http://cran.cnr.berkeley.edu/"
options(repos = r)

if(!require(gridExtra)){
  install.packages("gridExtra")
}

if(!require(autocrop)){
  devtools::install_github("jhollist/autocrop")
}

library("gridExtra")
library("autocrop")

```