如何在R中选择CRAN镜像

Question

我正在尝试通过执行以下操作通过R提示符安装软件包：

install.packages('RMySQL')

但是输出如下：

--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---

没别的！ 对于这个非常基本的问题，我找不到解决方案。 我应该键入什么才能选择CRAN镜像？

编辑：

作业系统：Mac-OS X 10.6.8 R版本：2.15.0

Answer 1

您应该获得一个带有存储库列表的窗口或一个带有某些选项的文本菜单。 但是，如果未出现，则始终可以使用repos参数指定从哪里下载软件包的镜像。 这样，R将不再询问您有关存储库的信息。 例：

install.packages('RMySQL', repos='http://cran.us.r-project.org')

在这里，您可以找到R 的镜像列表 。

Answer 2

这是我的工作，基本上可以直接从example(Startup)页面进行：

## Default repo
local({r <- getOption("repos")
       r["CRAN"] <- "http://cran.r-project.org" 
       options(repos=r)
})

在~/.Rprofile 。

编辑：由于现在是2018年，我们可以添加最近几年URL "https://cloud.r-project.org"更为可取，因为它反映了a）https访问和b）“始终在附近” -您” CDN。

Answer 3

我是以下人群的粉丝：

chooseCRANmirror()

它将在输出中打印镜像列表（不必担心弹出窗口，因为您是从终端运行的），然后输入所需的编号。

Answer 4

我使用了Dirk建议的〜/ .Rprofile解决方案，但我只是想指出一点

chooseCRANmirror(graphics=FALSE)

似乎是明智的选择

chooseCRANmirror(81)

，虽然可行，但是涉及到神奇的数字81（或者这可能是将旅游业提升为81 = UK（Bristol）:-)的巧妙方法）

Answer 5

由于OS X不再包含X11，因此无法在系统（OS X）上显示存储库选择屏幕。 R尝试通过X11向您显示提示。 从http://xquartz.macosforge.org/landing/安装X11。 然后运行安装命令。 回购选择提示将显示。

Answer 6

如果您需要设置镜以非交互的方式（例如做一个rbundler在部署脚本安装），你可以这样做：

首先手动运行：

chooseCRANmirror()

挑选镜子号码是最适合你和记住它。 然后自动选择：

R -e 'chooseCRANmirror(graphics=FALSE, ind=87);library(rbundler);bundle()'

其中87是您要使用的镜像编号。 此代码段还会为您安装rbundle。 如果愿意，可以忽略它。

Answer 7

我用了

chooseCRANmirror(81)

它会提示您选择国家。 然后，您可以通过键入在其中指定的国家/地区镜像代码来进行选择。

Answer 8

无论您是在终端中使用R还是在RStudio等IDE中使用，都应弹出一个下拉菜单供您选择（或从中选择一堆数字）。 Windows，Mac OS和大多数Linux系统都支持此功能。 但是，它可能需要其他配置或依赖性，例如X窗口。

要在使用远程访问时启用X-windows，请使用以下-XY标志：

ssh -XY username@server.domain

通常有一个默认存储库，但是如果您遇到任何问题（例如运行脚本或Rmarkdown / knitr），则可以指定此默认存储库。 每次安装时，都可以将repo opset镜像或存储库用于CRAN：

install.packages("package", repo="<your.nearest.mirror>")

建议使用离您最近的镜像，以加快下载速度。 例如：

install.packages("RMySQL", repos="https://cran.stat.auckland.ac.nz/")

您还可以在会话中设置repos选项，因此每个交互式会话（或脚本）只需要一次。 您可以检查repos是否配置了：

options(repos)

如果出现"Error in options(repos) : object 'repos' not found"则可以设置存储库选项。 例如：

options(repos = "https://cran.stat.auckland.ac.nz/")

然后，应该像往常一样安装软件包。 例如：

install.packages("RMySQL")

正如其他人所提到的，您可以在.Rprofile文件中配置存储库，并在所有脚本中进行此工作。 由您决定是选择系统上的“全局”选项还是会话或脚本中的“本地”选项。 这些“本地”选项花费更多的时间来使用每个会话，但是如果其他人没有您的.Rprofile ，则可以使其他人能够使用您的脚本。

Answer 9

在macOS上，我有您所说的确切内容：“请选择”提示，然后仅此而已。

打开（并更新；不知道是否相关）X-Quartz，然后重新启动R并再次尝试后，几秒钟后，我得到了X窗口的镜像列表。 这是第三次以来更快。

Answer 10

您也可以通过运行此菜单或将其放置在Rprofile中来禁用所有图形菜单

options(menu.graphics = FALSE)

Answer 11

添加到~/.Rprofile

local({r <- getOption("repos")
    r["CRAN"] <- "mirror_site"  #for example, https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/
    options(repos=r)
    options(BioC_mirror="bioc_mirror_site") #if using biocLite
})