使用 pip 或 pip3 安裝 pyseer 包時出錯

Question

我正在嘗試根據 pyseer 文檔使用 pip/pip3 安裝 pyseer 包。 但是，我收到一條錯誤消息：

錯誤：找不到滿足 pyseer 要求的版本（前版本：無） 錯誤：找不到與 pyseer 匹配的發行版。

通常 pip 和 pip3 安裝在我的系統上運行良好，我無法在這里找出問題所在。

請幫忙。

謝謝

Answer 1

PyPI （默認情況下 pip 在其中查找包）或TestPyPI （用於測試的 PyPI 實例）上都沒有pyseer 。 PySeer README建議了兩種安裝包的方法。

其中之一是康達：

conda install pyseer

另一個是點子。 要使用 pip，您必須從這里（手動）下載（或使用git克隆），然后cd目錄並運行：

pip3 install .

（即使文檔推薦pip ， pip3安裝它pip3應該有問題）。

Answer 2

你的python是通過anaconda安裝的嗎？ 我知道重新安裝有點痛苦，但我終於屈服了，昨晚做了，這確實是安裝 Python 包的最佳方式。 我只是用它來嘗試安裝pyseer ，這花了一些時間（~5 分鍾以上），但它運行良好，並安裝了一堆有用的依賴項，無論如何我在某些時候不可避免地需要安裝這些依賴項：

確保您已將bioconda添加到您的bioconda配置（ conda config --add channels bioconda ）中（與conda config --add channels bioconda conda-forge conda config --add channels bioconda相同）； 但我認為這些將是默認的。 運行上面括號中給出的conda config命令至少bioconda移動到它掃描的bioconda列表的頂部，如果您主要安裝生物信息學的東西，這可能會加快包的下載。

當然，只有 3.8 是 anaconda 提供的最新 Python。 不過，您仍然可以安裝 Py 10，因為當我想使用自 3.8 以來添加的任何新內容時。 （我只需要輸入python3.10 ）

Answer 3

所以我想出了問題所在。 顯然，PIP3 或 PIP 不適用於 Pyseer，因為它會在 Windows 中引發相互沖突的依賴項錯誤。 在 Linux 環境中使用 Conda 可以解決問題 ( https://github.com/mgalardini/pyseer/issues/182 )。