我如何使用 pytest 測試 numba 向量化函數

Question

我目前正在編寫幾個函數，它們都使用numba進行了優化（一個使用@guvectorize ，一個使用@vectorize 。我還為這兩個函數編寫了一些測試，但是當我運行pytest --cov --cov-report term-missing我知道缺失的行對應於優化的函數。

這是 pytest 如何對函數運行測試的問題還是由於其他（我的）問題？

這兩個函數中最簡單的是：

@vectorize(["float64(float64, float64)", "float32(float32, float32)"], nopython=True)
def binarize_mask(mask_data, threshold):
    """Binarize the mask array based on a threshold.

    :param mask_data: Mask array.
    :param threshold: Threshold to apply to the mask.
    """
    # Binarize the mask array
    return 1 if mask_data >= threshold else 0

我用以下測試進行測試：

1. 對於單個值：

def test_binarize_mask_return_value():
    threshold = np.float32(0.5)
    assert dl.binarize_mask(np.float32(0.3), threshold) == 0
    assert dl.binarize_mask(np.float32(0.7), threshold) == 1

2. 對於數組：

def test_binarize_mask_float32():
    test_data = np.array([1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10], dtype=np.float32)
    test_mask = np.array([0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1], dtype=np.float32)
    binarized = dl.binarize_mask(test_data, 3.0)
    assert binarized.dtype == np.float64
    assert binarized.shape == test_mask.shape
    assert np.all(binarized == test_mask)

Answer 1

只要代碼被編譯， coverage.py就不能再測量代碼的覆蓋率。 您可以找到一些關於此的問題。

您可以通過從 coverage.py 中排除代碼來簡單地將未經測試的代碼隱藏在地毯下。

但我知道你對你的代碼很認真，你真的想檢查你的算法。 然后你可以運行你的測試兩次。 通過設置環境變量NUMBA_DISABLE_JIT=1來檢查您的代碼，另一個僅用於覆蓋范圍，如here所述。