如何在 R 中使用函數獲得的多個圖創建演示文稿？

Question

我創建了一個函數，根據列表為您提供所需的繪圖數量。

這是我創建的示例。

list_genes <- c("GEN1", "GEN2", "GEN3")


myfunction <- function(x,y){
  
  for(gene in list_genes){
    # This to draw both plots
      par(mfrow=c(2,1))  
      
      stripchart(x, method="jitter", vertical=F, main=paste0("Plot of ", gene))
      
      hist(x, main=paste0("Plot of ", gene))
  }
}

myfunction(x=c(1,5,6,2,4,30,23,12,45))

我的最終目標是使用我從函數生成的所有圖創建一個演示文稿（自動）。

但是，如果我嘗試創建一個ioslides_presentation ，它們不會出現（只有第一個和第二個的一點）。

---
title: "My presentation"
output: ioslides_presentation
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
```

## PLOTS 

```{r}
list_genes <- c("GEN1", "GEN2", "GEN3")


myfunction <- function(x,y){
  
  for(gene in list_genes){
    # This to draw both plots
      par(mfrow=c(2,1))  
      
      stripchart(x, method="jitter", vertical=F, main=paste0("Plot of ", gene))
      
      hist(x, main=paste0("Plot of ", gene))
  }
}

myfunction(x=c(1,5,6,2,4,30,23,12,45))
```

該代碼是我原始函數的一個小例子，但足以向您展示我的問題。 我試圖將繪圖保存到對象中，但由於它是基礎 R，我不能（或者至少，它不能正常工作）。 我知道我可以用ggplot2做到這一點，但是，我想在這里問一下，以防萬一有人知道如何在這種情況下進行演示，然后再更改完整的原始功能。

有誰知道如何解決它？

首先十分感謝

問候

Answer 1

有幾種方法可以得到這個。 恕我直言，最簡單的方法是從函數中取出mfrow或mfcol調用，並為所有圖創建一個全局調用，例如：

---
title: "My presentation"
output: ioslides_presentation
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
```

## PLOTS

```{r}
list_genes <- c("GEN1", "GEN2", "GEN3")

myfunction <- function(x,y){
  for(gene in list_genes){
    stripchart(x, method = "jitter", vertical = FALSE, 
               main = paste0("Plot of ", gene))
    hist(x, main = paste0("Plot of ", gene))
  }
}

par(mfcol = c(2, 3))
myfunction(x = c(1, 5, 6, 2, 4, 30, 23, 12, 45))
```

附加說明：在R代碼中最好使用FALSE而不是F FALSE是保留字，而F是“脆弱的”，因為它可以重新定義。

Answer 2

感謝@tpetzoldt 和這篇文章，我找到了我需要的東西！

我不得不稍微改變一下函數並在循環內創建演示文稿的標題。

這是解決方案：

---
title: "Create a presentation with several plots"
output:
    ioslides_presentation
---

```{r, echo=FALSE}
myfunction <- function(x, gene){
    # This to draw both plots
      par(mfrow=c(2,1))  
      
      stripchart(x, method="jitter", vertical=F, main=paste0("Plot of ", gene))
      
      hist(x, main=paste0("Plot of ", gene))
}
```

```{r, echo=FALSE}
list_genes <- c("GEN1", "GEN2", "GEN3")
```


```{r, echo = FALSE, results = "asis"}
for(gene in list_genes){
  cat("\n\n## Plot of ", gene, "\n\n")
  myfunction(x=c(1,5,6,2,4,30,23,12,45), gene)
}
```