如何在 R 中使用函数获得的多个图创建演示文稿？

Question

我创建了一个函数，根据列表为您提供所需的绘图数量。

这是我创建的示例。

list_genes <- c("GEN1", "GEN2", "GEN3")


myfunction <- function(x,y){
  
  for(gene in list_genes){
    # This to draw both plots
      par(mfrow=c(2,1))  
      
      stripchart(x, method="jitter", vertical=F, main=paste0("Plot of ", gene))
      
      hist(x, main=paste0("Plot of ", gene))
  }
}

myfunction(x=c(1,5,6,2,4,30,23,12,45))

我的最终目标是使用我从函数生成的所有图创建一个演示文稿（自动）。

但是，如果我尝试创建一个ioslides_presentation ，它们不会出现（只有第一个和第二个的一点）。

---
title: "My presentation"
output: ioslides_presentation
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
```

## PLOTS 

```{r}
list_genes <- c("GEN1", "GEN2", "GEN3")


myfunction <- function(x,y){
  
  for(gene in list_genes){
    # This to draw both plots
      par(mfrow=c(2,1))  
      
      stripchart(x, method="jitter", vertical=F, main=paste0("Plot of ", gene))
      
      hist(x, main=paste0("Plot of ", gene))
  }
}

myfunction(x=c(1,5,6,2,4,30,23,12,45))
```

该代码是我原始函数的一个小例子，但足以向您展示我的问题。 我试图将绘图保存到对象中，但由于它是基础 R，我不能（或者至少，它不能正常工作）。 我知道我可以用ggplot2做到这一点，但是，我想在这里问一下，以防万一有人知道如何在这种情况下进行演示，然后再更改完整的原始功能。

有谁知道如何解决它？

首先十分感谢

问候

Answer 1

有几种方法可以得到这个。 恕我直言，最简单的方法是从函数中取出mfrow或mfcol调用，并为所有图创建一个全局调用，例如：

---
title: "My presentation"
output: ioslides_presentation
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
```

## PLOTS

```{r}
list_genes <- c("GEN1", "GEN2", "GEN3")

myfunction <- function(x,y){
  for(gene in list_genes){
    stripchart(x, method = "jitter", vertical = FALSE, 
               main = paste0("Plot of ", gene))
    hist(x, main = paste0("Plot of ", gene))
  }
}

par(mfcol = c(2, 3))
myfunction(x = c(1, 5, 6, 2, 4, 30, 23, 12, 45))
```

附加说明：在R代码中最好使用FALSE而不是F FALSE是保留字，而F是“脆弱的”，因为它可以重新定义。

Answer 2

感谢@tpetzoldt 和这篇文章，我找到了我需要的东西！

我不得不稍微改变一下函数并在循环内创建演示文稿的标题。

这是解决方案：

---
title: "Create a presentation with several plots"
output:
    ioslides_presentation
---

```{r, echo=FALSE}
myfunction <- function(x, gene){
    # This to draw both plots
      par(mfrow=c(2,1))  
      
      stripchart(x, method="jitter", vertical=F, main=paste0("Plot of ", gene))
      
      hist(x, main=paste0("Plot of ", gene))
}
```

```{r, echo=FALSE}
list_genes <- c("GEN1", "GEN2", "GEN3")
```


```{r, echo = FALSE, results = "asis"}
for(gene in list_genes){
  cat("\n\n## Plot of ", gene, "\n\n")
  myfunction(x=c(1,5,6,2,4,30,23,12,45), gene)
}
```