如何使用 dplyr 和 rstatix 包使用來自 ANOVA 的數據表的列執行計算？

Question

我有一個數據框，並在數據之間進行了方差分析。 在方差分析之后，我想使用其中一個結果列進行計算並使用mutate() function 創建一個新列。 但是，會出現一個錯誤，表明無法在 anova anova object 上執行此操作：

Error: `x` must be a vector, not a <anova_test/data.frame/rstatix_test> object.

有人可以幫我用方差分析結果的 F 列執行計算（ F + 1 ）嗎？

library(dplyr)
library(rstatix)

Temperature <- factor(c(rep("cold", times = 4),
                        rep("hot", times = 4)),
                      levels = c("cold", "hot"))

Light <- factor(rep(c(rep("blue", times = 2),
                      rep("yellow", times = 2)),
                    times = 2),
                levels = c("blue", "yellow"))

Result <- c(90.40, 85.20, 21.70, 25.30,
            75.12, 77.36, 6.11, 10.8)

Data <- data.frame(Temperature, Light, Result)

NewColumn <- Data %>%
  anova_test(formula = Result ~ Temperature*Light) %>%
  mutate(New= `F` + 1) #<-------- Not working

Answer 1

正如 JKupzig 在評論中提到的，這是dplyr中的一個已知問題，如下所述： https://github.com/tidyverse/dplyr/issues/5286 。

The issue is caused by anova_test() creating an output data frame with classes anova_test , data.frame and rstatix_test , in that order, while mutate() from dplyr seems to get hung up if the last element in the class vector is not data.frame 。 您可以驗證 anova 的 output 的類如下：

Data %>% anova_test(formula = Result ~ Temperature*Light) %>% class()

[1] "anova_test"   "data.frame"   "rstatix_test"

作為一種解決方法，您可以在 anova_test() 之后將anova_test() as_tibble()添加到dplyr pipe 中。 這會按順序將類重置為tbl_df 、 tbl和data.frame 。

Data %>% anova_test(formula = Result ~ Temperature*Light) %>% as_tibble() %>% class()

[1] "tbl_df"     "tbl"        "data.frame"

Data %>%
    anova_test(formula = Result ~ Temperature*Light) %>% 
    as_tibble() %>%
    mutate(New= `F` + 1)

# A tibble: 3 x 8
  Effect              DFn   DFd        F         p `p<.05`   ges     New
  <chr>             <dbl> <dbl>    <dbl>     <dbl> <chr>   <dbl>   <dbl>
1 Temperature           1     4   42.2   0.003     "*"     0.914   43.2 
2 Light                 1     4 1041.    0.0000055 "*"     0.996 1042.  
3 Temperature:Light     1     4    0.725 0.442     ""      0.153    1.72

請注意，此操作會刪除anova_test和rstatix_test類。 如果這些類很重要，請使用與 magrittr package 不同的解決方法set_class() （ magrittr是magrittr的依賴dplyr ，因此無需單獨安裝）。

Data %>%
    anova_test(formula = Result ~ Temperature*Light) %>%
    magrittr::set_class(c("anova_test", "rstatix_test", "data.frame")) %>% 
    class()

[1] "anova_test"   "rstatix_test" "data.frame" 

Data %>%
   anova_test(formula = Result ~ Temperature*Light) %>%
   magrittr::set_class(c("anova_test", "rstatix_test", "data.frame")) %>% 
   mutate(New = `F` + 1)

ANOVA Table (type II tests)

             Effect DFn DFd        F        p p<.05   ges      New
1       Temperature   1   4   42.250 3.00e-03     * 0.914   43.250
2             Light   1   4 1041.366 5.50e-06     * 0.996 1042.366
3 Temperature:Light   1   4    0.725 4.42e-01       0.153    1.725