維恩圖 R 完全空白

Question

我正在嘗試為 3 個數據集的常見差異表達基因創建維恩圖。 我創建了一個包含差異表達基因的列表，然后我使用venn.diagram() function 和以下 arguments：x（這是我在三個數據集中的基因名稱列表）、文件名、類別.名稱和 output。然而，維恩圖完全空白，交叉點內沒有類別名稱或數字。 我的代碼如下所示：

venn.diagram(up, filename = 'venn_up.png', category.names = c('up_PC3', 'up_LAPC4', 'up_22Rv1'), output = TRUE)

有沒有人遇到過類似的問題？ 謝謝大家！

Answer 1

沒有可重現的數據集很難，所以我創建了一個：

genes <- paste("gene",1:1000,sep="")
x <- list(
  up_PC3 = sample(genes,300), 
  up_LAPC4 = sample(genes,525), 
  up_22Rv1 = sample(genes,440)
)

您可以使用以下代碼來運行維恩圖：

library(VennDiagram)
venn.diagram(x, filename = "venn_up.png", category.names = c('up_PC3', 'up_LAPC4', 'up_22Rv1'))

比在工作目錄的正確文件夾中檢查 output：