R中基因組區域的維恩圖

Question

您知道有時候我們需要比較兩個床文件的重疊或共享區域，請確保我們可以逐步進行。 任何人都可以共享R代碼來為兩張床的文件做維恩圖嗎？

Answer 1

以下代碼可以完成這些操作，但是，在某些服務器中，無法創建和打開tiff文件。 您可以在自己的筆記本電腦中使用此代碼。

if(!require(VennDiagram)){source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R"); biocLite("VennDiagram")}
venn.plot <- venn.diagram(list(A = 1:150, B = 121:170),col=c("blue","red"),fill=c(1:3),lwd=2, filename="Venn_2set_simple.tiff");
venn.plot <- venn.diagram(list(A = 1:150, B = 121:170, C = 101:200), col=c(1:3),fill=c(1:3),lwd=2, filename="Venn_3set_simple.tiff");

Answer 2

最終，Python通過以下鏈接為床文件的維恩圖提供了一個軟件包： http : //pythonhosted.org/pybedtools/index.html