如何訪問 Snakefile 中的 Snakemake 參數？

Question

我試圖弄清楚如何訪問我的 Snakefile 中的 Snakemake 參數，例如設置目標規則（由用戶指定或第一個定義的規則）。 我能夠使用dir()在環境中找到一些設置，但不是目標規則。 這甚至可以訪問嗎？

編輯：我想在運行開始時打印最重要參數的概述，包括用戶 ID、配置文件的路徑以及目標規則（因為我們的工作流有多個端點/目標規則，我找到了將其記錄在某處很有用）。

經過一番挖掘，我發現了包含一些有用信息的workflow對象，但是first_rule設置為None 。 我本來希望將該屬性設置為目標規則，但也許我還沒有理解它的用途，和/或不應從workflow對象中提取任何信息。

我知道我可以使用--report功能來獲取大量信息 - 我們確實使用它 - 但希望獨立於它。

謝謝！

Answer 1

從更新的問題來看， workflow似乎很有用。 具體來說，一種選擇是迭代工作流中的所有規則（請參閱相關答案），在迭代期間提取感興趣的信息。 專門針對目標規則信息，在以下 Snakefile 上運行snakemake -j 1似乎會輸出所需的信息：

rule all:
    input:
        "a.txt",
        "b.txt",


rule a:
    output:
        "a.txt",
    shell:
        """
        echo "a" > {output}
        """


rule b:
    output:
        "b.txt",
    default_target: True,
    shell:
        """
        echo "b" > {output}
        """

print(workflow.default_target)
# will print b

printing方面的一個注意事項，如果您正在執行集群提交或者您的規則具有對傳入數據敏感的 shell 命令，則將信息記錄到文件中而不是打印到標准輸出可能會更好。 至少我有一些不明顯的錯誤的經驗，這些錯誤最終可以追溯到我在 Snakefile 中打印。

更新：這是針對邊緣情況的 hack，但如果有人對動態修改default_target感興趣，則可以執行以下操作（這只是偽代碼，未經測試）：

# assume that config contains the name of the desired target rule
default_target = config["default_target"]

for n, r in enumerate(workflow.rules):
    if r.name == default_target:
        r.default_target = True