如何在snakemake包裝器中訪問snakefile中定義的變量？

Question

我想編寫一個snakemake 包裝器，能夠根據主snakefile中定義的變量值調整其行為。

這似乎不起作用，當我嘗試在包裝器中使用這樣的變量時，我得到一個NameError 。

特別是，我希望在使用這種機制將一些程序放入PATH的集群上運行時，根據配置中定義的信息，使用包裝器添加module load ...和module unload ...命令來執行shell命令文件：

在主要的snakefile中：

load_modules = False
# By default, cluster nodes are expected
# to have names starting with "tars"
cluster_prefix = config.get("cluster_prefix", "tars")
if cluster_prefix:
    from socket import gethostname
    if gethostname().startswith(cluster_prefix):
        load_modules = True

# ...

rule ...:
    # ...
    wrapper:
        "file://path/to/the/wrapper/folder"

然后，在相應的wrapper.py文件中：

if load_modules:
    # ...

這導致：

NameError: name 'load_modules' is not defined

是否有可能使包裝器知道一些變量而不通過規則中的額外params段？

Answer 1

一種不需要在規則的params部分添加內容的可能性是將變量存儲在config ，可以在snakemake包裝器中以snakemake.config 。

例如，在snakefile中：

# By default, cluster nodes are expected
# to have names starting with "tars"
cluster_prefix = config.get("cluster_prefix", "tars")
if cluster_prefix:
    from socket import gethostname
    if gethostname().startswith(cluster_prefix):
        config["load_modules"] = True

# ...

rule ...:
    # ...
    wrapper:
        "file://path/to/the/wrapper/folder"

在wrapper.py ：

load_modules = snakemake.config.get("load_modules", False)
if load_modules:
    # ...