一次多張熱圖

Question

我正在嘗試使用 facet_wrap 和 geom_tile 函數獲取多個熱圖，我有 1000 個樣本。

我的目標是為每個 Parent_Gene 獲取熱圖，其中包括“X”軸中的“條件”、“響應值”作為“填充”以及屬於“Y”軸中相同 Parent_Gene 的基因。

ID	sl	（健康）狀況	基因	響應值	Parent_Gene
1	S1	疾病1	基因KPN1	2.749526	基因KPN
2	S2	疾病2	基因KPN2	6.606618	基因KPN
3	S3	疾病1	基因BKJH1	4.697644	基因BKJH

到目前為止，這是我的腳本。 我的問題是，我只希望每個熱圖中都描述屬於相應 parent_gene 的基因，而不是每次都顯示所有基因。

my_data <- read.csv("my_data.csv")

my_data$Parent_Gene <- gsub("([A-Z)]+)\\d+.*","\\1", my_data $Gene)

library(tidyverse)

 gg<- ggplot(my_data, aes(x=Condition, y=Gene, fill= Response_Value))+
  geom_tile(color="white", size=0.1)+
 scale_fill_viridis(name="response levels")

 gg + coord_equal()

gg + facet_wrap(~Parent_Gene, ncol=2)

gg <- gg + labs(x=NULL, y=NULL, title="Comparative response levels")

Answer 1

您需要將scales = "free"添加到您的facet_wrap()中。 這將“釋放”規模，在您的情況下，這將只在您的情節中留下包含的基因。 您還可以指定釋放單個比例，例如使用free_x或free_y ，如果您想在 x 軸上有不同的基因，但保留 y 軸的比例，這可能很有用。

這些在幫助頁面中也有詳細說明，您可以使用?facet_wrap訪問該頁面。